台南开元寺创建于
清朝康熙，原称
海会寺，是
台湾省著名的寺庙和最早创立的官方寺院，位于台湾台南市北区。
开元寺对近代台湾佛教的发展关系颇深，亦是台湾府城七寺八庙之一，1985年8月19日公告为二级古迹。
开元寺的前身是明
永历三十四年（1680年）
郑经为奉养其母董氏而建的北园别馆，而在董氏去世后该园遂 废，此外郑经长子监国
郑克臧亦是在此被杀。而进入清朝之后，
福建省分巡台湾
厦门道周昌也曾于
康熙帝二十五年（1686年）在此地建亭筑室，但不久就任满回京，该园又废。
清康熙二十九年（1690年），
台湾省镇总兵
殷化行与台湾巡台兵备道
王效宗认为台湾缺少佛寺，遂在此兴建寺庙，因为是位于
柴头港溪入海之处，所以命名为“
海会寺”，而因为该寺为台湾第一座官建佛寺，便循
李隆基所开之例，又称“
开元寺”。到了
乾隆十五年（1750年），巡道书成重修该寺，且因该寺多石榴又是禅宗流派临济宗在台湾的本山，便改寺名为“榴禅寺”，但不久又恢复旧名。乾隆四十二年（1772年），台湾知府
蒋元枢整修该寺，并奠基该寺的格局，并留下碑记。乾隆末年，该寺正式名称改为开元寺，海会寺之名则成通称。而
爱新觉罗·颙琰元年（1796年）时，为庆祝皇帝登基，
台湾省总兵哈当阿遂取“圣天子绥靖海疆至意”将寺名改为“海靖寺”，并予以重修、题献三匾。到了清
咸丰九年（1859年）时，寺名确定为“开元寺”，
同治之后，约每隔20到30年小修一次，再隔60年大修一次。
在台湾日据时期，该寺一度差点被寺中僧人宝山卖给日本人，但该僧在寺产卖出前猝死，该寺遂保存下来。此外该寺由于第六任住持玄精上人的发愿重修，寺庙渐恢复旧观，宗教风气亦盛。
第二次世界大战结束后，
台湾省推行“耕者有其田”的政策，
开元寺一度因土地生产不足以缴税而陷入危机，后来经眼净禅师与
台南市士绅名流合力处理，才化险为夷。而此后开元寺附近增建了佛学书院、禅学院、图书馆、幼稚园、慈爱医院与
安养市中心等设施，与附近居民的生活有密切的互动。1963年翻修大士殿，改成两层楼的水泥建筑。在2000年完成前殿与
正殿的整修，但有一些旧貌因而被修掉。
开元寺坐西朝东，在
蒋元枢整修之后为四殿两厢房的建筑群，为符合伽蓝七堂的 寺院。从北园街上的山门进入后，便是宽广的庙埕，庙埕北边立有碑亭。而过了庙埕之后，便是三川门，其中央宽五开间，有三对由
台南市名师蔡草如所绘的
门神，分别是中央的韦驮与伽蓝护法与两侧的四大天王。而在三川门之上，外挂有“开元寺”匾，内则挂“
千佛庵”匾，门旁还有
清代名士
林朝英所书的楹联。而在三川门之内，则于两侧供奉
哼哈二将。
进了三川门后，其后便是
天王殿（
天王殿），左边则为开山堂，右边为净业堂。
天王殿供奉
弥勒菩萨与四大天王，而在弥勒佛背后则供有韦驮神像。开山堂里因该寺与
郑经及其母董夫人有渊源，而供有延平郡王
郑成功神位，此外堂中还供有弘法大师
塑像及西天东土历代祖师香位，墙上还挂有历代住持 画像并附略传。
空海塑像是已废寺的日本时代真言宗台南高野寺的遗物。净业堂里主祀地藏王菩萨和众多信徒的牌位，而
乾隆的
知府蒋元枢重修该寺时所立的“重修海会寺图碑”正存放于此堂中。
天王殿之后便是
大雄宝殿，供奉
释迦牟尼、
普贤菩萨与
文殊菩萨，另外还陪祀了多尊菩萨、尊者与
十八罗汉。而在此殿中亦存有
康熙帝时由首任住持志中禅师闭关三年募款，于康熙三十四年（1695年）铸成的
铜钟。
而经过大雄宝殿后方的拜亭之后，便是大士殿。该殿为新建的钢筋混拟土建筑，一楼中央为正殿，供奉观音菩萨，其左为功德堂，右为南山堂，而二楼中央则主祀
千手观音，旁有小型的地藏王殿与郑王殿，此外这里还附设有1979年创办的“慧光图书馆”。其中南山堂是纪念佛教南山律宗创始人道宣而建，而功德堂里则有北园别馆时的古井，因郑经的生活起居用水来自此井，故名郑经井，此外这里还有当年凿井挖出的白色海螺化石，乃镇寺之宝。
开元寺本身一直为广纳十方各派的道场，其法脉系统大致上可分为下列四支演派: 万安广恩禅师演派（
承天寺系统）、雪峰祖定禅师演派（黄山万福禅寺密云圆悟禅师法脉）、普陀前寺演派（
普陀山普济寺）、普陀前寺演派（
涌泉寺维修上人法脉）。以上演派除万安广恩禅师演派为
曹洞宗系统外，其余三支皆为临济宗系统。