南京两江海运股份有限公司成立于2007年01月29日，注册地位于南京市高淳区砖墙经济园288号，法定代表人为牟宗皓。经营范围包括国内沿海及长江中下游普通货船运输；国内沿海船舶管理；船舶代理等业务。

南京两江海运股份有限公司，系南京江海集团有限公司和宁波舟山港集团于2007年1月共同发起投资成立的混合所有制公司，注册资本为4亿元。南京江海集团有限公司是具有远洋和沿海运输、码头中转的综合性物流企业，拥有自有船舶运力153万载重吨（其中集团控股企业南京远洋船舶运力120万载重吨，两江海运沿海船舶运力33万载重吨），航线辐射长江沿线、中国沿海和香港特别行政区、欧洲、非洲、中东、美洲等国家和地区，拥有极强的船舶经营能力和丰富的船舶管理经验。宁波舟山港是全球首个年货物吞吐量突破10亿吨的大港，也是世界集装箱运输发展最快的港口，是我国大陆重要的集装箱远洋干线港、国内最大的铁矿石中转基地和原油转运基地、国内重要的液体化工储运基地和华东地区重要的煤炭、粮食储运基地，是我国的主枢纽港之一。2022年，宁波舟山港货物吞吐量连续第14年保持全球第一，集装箱吞吐量继续位列全球第三。

2007年1月南京两江海运股份有限公司成立，实收资本2.5亿元。投运二艘16000吨级散货船“复兴门”“长兴门”。

2007年5月新建投运一艘16000吨级散货船“长安门”。

2007年9月新建投运一艘16000吨级散货船“长富牛奶门”。

2009年2月新建投运一艘18000吨级散货船“长荣集团门”。

2009年3月新建投运一艘22800吨级散货船“长达门”。

2009年6月新建投运一艘18000吨级散货船“长华门”。

2009年8月新建投运一艘18000吨级散货船“长旺门”。

2009年9月南京两江海运股份有限公司在安徽芜湖注册成立全资子公司“芜湖两江海运有限公司”，注册资本5000万元，“长华门”转入芜湖公司运营。

2011年11月出售“复兴门”“长兴门”。

2012年1月新建投运一艘51180吨级散货船“长阳门”。

2012年2月新建投运一艘51180吨级散货船“长春门”。

2013年5月公司注册资本增资到4亿元。

2013年5月公司与天津滨海投资集团股份有限公司合资成立“天津两江海运有限公司”，公司占大股比。

南京两江海运股份有限公司的组织构架

南京两江海运股份有限公司的经营范围：国内沿海及长江中下游平原普通货船运输；国内沿海船舶管理；船舶代理；代理海船船员办理申请培训、考试、申领证书（海员证和外国船员证书除外）等有关手续，代理船员用人单位管理海船船员事务，为国内航行海船提供配员等相关活动；货物运输代理；货物装卸；仓储服务。一般项目：船舶销售；船舶租赁；船舶修理；企业管理咨询；安全咨询服务；信息咨询服务；技术服务、技术开发、技术咨询、技术交流、技术转让、技术推广。

南京两江海运股份有限公司在2009年2月被航运在线、网易、腾讯控股等网站门户评为“2008年中国第三届最佳船公司”。

2011年当选为中国船东协会长江分会海进江专委会副主任委员单位。

2013年6月被中国交通企业管理协会评为“2012年全国交通运输业诚信建设先进单位”。

2014年2月被交通运输部长江航务管理局评为“2013年度中国长江航运集团有限公司优秀诚信企业”。

2014年7月被中华人民共和国海事局评为“安全诚信公司”并荣获证书。

2015年-2018年连续4年通过中国海事局“安全诚信公司”证书年度签注。

2015年3月中华人民共和国江苏海事局官网公布的“江苏片区2014年度航运公司安全诚信等级评比结果”，被评定等级为A级。

2016年2月被南京市船舶检验局授予“2014-2015年度诚信单位”称号。

2016年3月被交通运输部长江航务管理局授予“2015年度中国长江航运集团有限公司系统安康杯竞赛优胜单位”称号。

2016年12月，“长春门”“长阳门”被江苏海事局、中华人民共和国河北海事局联合评为“苏冀电煤航线品牌创建船舶”。

2018年、2019年连续被中石化易派客商业信用中心评定为“AA-”信用等级。

南京市高淳区砖墙经济园288号。