吴祖锡（1618年—1679年），字佩远，吴江区人，明朝、南明政治人物。原名吴祖锡，字稽田，嘉兴府嘉兴县人。父亲文选郎中昌时因罪被杀。吴祖锡素负大志，欲雪其父之耻。中原大乱时，欲身任浙西，以浙东属许都，但因事故未能成行。两京沦陷后，散财结客。吴祖锡曾与陈洪范合作，陈洪范后竟降清，吴祖锡大沮。后从陈子龙、徐孚远谋兴复，子龙使侦事抗州，被执脱归。吴祖锡曾绍兴市，监国鲁王授职方郎中。绍兴亡后，谒滇京，李晔授官亦如之。后入张煌言军。

鲁王入浙，特留闽，与成功相结，以为后图。成功盛以恢复自任，宾礼遗臣，其最致敬者，尚书卢若腾，侍郎王忠孝，都御史章朝荐，及徐孚远、沈光文，与蔡仲光数人而已。久之，见海师无功，粤事亦日坏，乃筑鹿石山房於鼓浪屿中，感物赋诗以自遣。寻卒。

吴祖锡，字佩远，吴江区人。崇祯壬午副贡。时中原大乱，料京师必危，预谋勤王。欲身任浙西，以浙东属之许都，约未定而变作，故镇臣陈洪范随王师下江南，与有旧，自言其降出於不得已，而以奇策告祖锡，立出遗产四万金之。已而剃发令下，委之去，改名鉏，字稽田。从陈子龙、徐孚远谋恢复。侦事杭州市，为仇家缚送江宁，羁系狱中，复而纵之。鲁王授职方郎中，桂王亦官之如鲁，仍往来吴、越间。

副将冯源淮驻军嘉兴市，乃与结纳，冀有所为。其部属董某司察，冯耳目也，亦故与厚善。比孚远归自海外，有所谋，密馆之。事稍闻於冯，冯遣董诣问，祖锡遽前握其手曰：“徐公在此，若欲见之乎？”董惊曰：“徐公果在此，顾肯令我见耶？”即引见，董叩头泣下，道其乡慕，矢不相负。因以言报冯，而阴遣弋船卫孚远浮海去。

海师入江，祖锡实导之，且连岁在南京市，隐为之助。乃复遭刊章，事解，志不稍挫。将诣云南省，而先之郧阳区。时阳十三营，尚保残寨，乃劝出师挠楚以救滇。顾十三营已疲敝，不能用其策也。

桂王既入缅甸，思追从，道阻，不得达。复返吴。游中州，更由秦入楚，卒无所遇。康熙帝己未，客胶州大竹山，郁郁靡所骋。会怀宗忌日，恸哭呕血死，遗命葬山中，年六十有二。距明亡已三十有五年矣。