近交系（英语：inbred strain / inbred line）是指在动、植物中，通过亲代与子代或兄弟姐妹之间重复杂交若干代而获得的基因型相对纯一的纯系。一个品系经历了至少20代的近亲繁殖后，个体中至少98.6%的基因座是纯合的，且每个个体都可视为事实上的克隆个体。近交系的个体性状逐步趋于稳定一致，但其生活力降低。

近交系中，个体的性状会逐步趋于稳定一致，然而其生活力则降低。指随着反复连续地近亲交配，具有不同性状的个体进行分离，成为基因纯合体系统。最终完成的近交系为纯系，由于其后代中所有性状不再分离，所以是精密实验的重要材料。在养禽业和养猪业中，一般采用连续的全同胞交配，使近交系数很快上升到37.5%以上，这种通过高度近交所建立的品系，称为近交系。仅在科学研究中使用。一些近交系已经繁育了150多代，使种群内的个体事实上是同基因的。

近交系已广泛应用于研究。一些用近交系完成的实验获得了诺贝尔奖，若没有近交系，这些获奖的工作可能是无法完成的。这些工作包括Medawar对免疫耐受的研究、Kohler和Milstein对单克隆抗体的开发，以及Doherty和Zinkernagel对主要组织相容性复合体（MHC）的研究。同基因生物体具有相同或几乎相同的基因型。对于近交系菌株而言，它们在第20代时，相似性通常至少有98.6%。极高的一致性，意味着在同一实验中，使用近交系比使用远交系需要的个体更少，就能产生具有相同统计显著性水平的结果。近交系的育种通常有针对性地培养特定的表型，例如乙醇偏好等行为特征或衰老等形体特征，或者可以施加选择，使之在实验中更易使用，例如易用于转基因实验。使用近交系作为模型的主要优势之一是近交系可随时用于任何进行中的研究，并且有杰克逊实验室和FlyBase等资源，研究者可以在其中查找具有特定表型或基因型的近交系、重组系和近等基因系。暂不需要的品系胚胎可以冷冻和保存，待需要其独特的基因型或表型性状时取出。

对于数量性状的连锁分析，重组近交系因其同基因的性质而有用，因为个体的遗传相似性使得数量性状基因座分析很容易复现。复现能提高定位实验结果的精确度，并且由于环境的微小变化就可能影响生物体的寿命，进而导致实验结果波动，它们在研究衰老等特征时是必备的。

这是一种近交系，其要么已经改变，要么有自然突变，使某个基因座上有差异。此类品系可用于分析近交系内或近交系之间的差异，因为任何差异既可能是由一个遗传变化造成的，也可能是同一品系内两个个体所处的环境条件不同造成的。

动物近亲繁殖有时会导致遗传漂变。相似基因的连续叠加暴露了隐性基因模式，这些模式通常会导致繁殖能力、适应度和生存能力的变化。这些特性下降称为近交衰退。两个近交系之间杂交可消除有害的隐性基因，使上述特性得到强化，这被称为杂种优势。由于近交系是纯合个体的小种群，它们容易受到由遗传漂变固定下来的突变的影响。杰克逊实验室在一次关于小鼠遗传漂变的报告会议上，根据观察到的性状计算了突变率的粗略估计值：每1.8代发生1个表型突变，但他们提醒说，这可能是低估的数字，因为他们只用了外表可见的表型变化，而未考虑内部的表型变化。他们补充说，统计学上，每6-9代，编码序列中就有一个突变会固定下来，导致形成新的亚系。进行对照时必须慎重，两个亚系之间并不可比，因为二者可能有很大差异。