移宫案发生于明万历四十八年（公元1620年），由于朱由校朱由校的养母李选侍为把持朝政不肯移出乾清宫而形成的案件，后成为“明末三大案”之一。

明万历四十八年（公元1620年），朱翊钧去世，朱常洛朱常洛即位，朱常洛的妃嫔李选侍为控制自己的养子，即朱常洛的皇长子朱由校，与其共同迁居乾清宫。一个月后，朱常洛在“红丸案”中去世，李选侍趁机控制乾清宫，密谋挟持朱由校以把持朝政。在兵科都给事中杨涟、大学士刘一燝等东林党朝臣的力争下，朱由校摆脱了李选侍等人的挟制，迁居慈庆宫。由于朱由校登基必须回到乾清宫，于是东林党人联合太监王安逼迫李选侍移宫，最终李选侍与女儿（朱由校的皇八妹）移出乾清宫，迁居哕鸾宫。朱由校于当年九月正式登基称帝。移宫数日后，李选侍所居的哕鸾宫失火，反对移宫的太监魏忠贤集团借此散发谣言，指责朱由校违背孝悌之道，御史贾继春等朝臣听信流言，指责东林诸臣违背先皇遗愿，居心不良。朱由校在杨涟等人的支持下批驳了这些谣传，宣称“朕令停选侍封号，以慰圣母在天之灵。厚养选侍及皇八妹，以遵皇考之意。尔诸臣可以仰体朕心矣”。至此，“移宫案”风波才算暂告结束。

对于移宫案，东林党人认为是李选侍妄图谋夺大权，因此才会逼迫其移宫；而非东林党人认为此举不符合礼法，薄待了先朝嫔妃。双方对此争论不休，逐渐成为明末党争的标志性事件之一，与梃击案、红丸案一起成为明末三大案。朱由校即位之初，东林党人因拥戴其登基，颇受朱由校信任，魏忠贤获得朱由校宠信后借此案打压东林党人。阎崇年等学者认为三案的发生将朝廷的注意力吸引到宫廷斗争上，影响朝廷决策，加速了宦官专权，使明末统治更加腐败。

万历四十八年（公元1620年）七月二十一日，朱翊钧朱钧驾崩，太子朱常洛在兵科都给事中杨涟、御史左光斗等东林党朝臣与太监王安的护持下顺利继位，即明光宗。随后朱常洛重用东林党朝臣，并将王安提拔为司礼监秉笔太监。

泰昌帝朱常洛有“东李”“李康妃”两位选侍，而皇长子朱由校的生母王才人原来是在东宫伺候朱常洛的宫女，直到生下朱由校后才被封为才人，因长期遭到西李选侍的凌辱和朱常洛的冷落，抑郁而死。之后，朱由校由（西）李选侍抚养，李选侍为了控制朱由校，便要求他与自己同居一宫。后来朱由校说养母李选侍常常侮慢凌虐他，使他“昼夜涕泣”。

朱常洛登基后，便让其子朱由校与李选侍一起迁住乾清宫，还打算将李选侍封为皇贵妃，但李选侍要求封为皇后，经朝臣力争，李选侍未能如愿成为皇后。朱常洛即位一个月后，死于“红丸案”。李康妃趁机勾结心腹宦官魏忠贤（魏忠贤）控制了乾清宫，想利用朱由校年少，自己当皇太后垂帘听政，以把持朝政。

朱常洛帝驾崩当日，给事中杨涟、刘一燝等朝臣赶往乾清宫，要求哭临朱常洛，面见皇长子朱由校，共同商谈即位之事，受到李选侍及魏忠贤手下的阻拦。朝臣表示李选侍不能与太子朱由校同住一宫，但李选侍不肯移宫，甚至将朱由校禁闭在乾清宫。经朝臣力争，李选侍终于准许朱由校与大臣们见面。

杨涟、刘一等朝臣见到朱由校便叩首山呼万岁，并保护其离开乾清宫，前往文华殿接受群臣的礼拜，并商议在当月正式举行朱由校的登基大典。不久，李康妃便派人来请朱由校回乾清宫，于是大臣们又把朱由校安排到太子宫慈庆宫，并由与东林党交好的太监王安负责保护，以此摆脱李选侍等人的挟制。

李康妃见挟持朱由校以把持朝政的计划落空，又提出所有大臣的章奏必须先交由她过目，然后再给朱由校，朝臣们对此表示强烈反对。与此同时，朝臣们要求李选侍立即移出乾清宫，迁居九成宫遗址内的哕鸾宫，被李选侍拒绝。然后她又要求先封自己为皇太后，再让朱由校即位，也被大臣们驳回，双方矛盾日渐激化。

朱由校避住在慈庆宫，李康妃却“居乾清宫自若”，而朱由校要登皇帝位，就必须回到乾清宫。为了让李选侍尽快“移宫”，给事中杨涟、御史左光斗等朝臣多次上奏，但朱由校态度并不坚定，九月初五（登基前一天）才下令让李选侍迁居仁寿宫，但李康妃仍然不愿移宫，并传闻还要继续延期移出乾清宫。

由于李选侍赖在乾清宫不搬，内阁诸大臣站在乾清宫门外，迫促李选侍移出。太监王安在乾清宫内驱赶，李选侍不得不怀抱所生八公主，仓促离开乾清宫，移居哕鸾宫。九月初六，朱由校登基，改次年（公元1621年）为天启元年，史称天启。

移宫数日后，哕鸾宫失火，经宫人奋力抢救，李康妃母女被救出。反对移宫的魏忠贤集团借此散发谣言，指责朱由校违背孝悌之道，御史贾继春等朝臣听信流言，指责东林诸臣违背先皇遗愿，逼逐朱由校庶母，居心不良。朱由校在杨涟等人的支持下批驳了这些谣传，下令停掉李选侍封号，并厚养选侍及皇八妹，后来又晋封李康妃为康妃。至此，“移宫案”风波才算暂告结束。

对于移宫案，东林党人认为是李选侍妄图谋夺大权，因此才会逼迫其移宫；而非东林党人认为此举不符合礼法，薄待了先朝嫔妃，双方对此争论不休，逐渐成为明末党争的标志性事件之一。

朱由校即位之初，东林党人因拥戴其登基，颇受朱由校信任，以赵南星为首的东林党官员挤压排斥浙党等五党人。后来魏忠贤获得朱由校重新之后，浙党等五党中部分成员迅速投靠魏忠贤，成为阉党。天启四年(公元1624年)六月以后，魏忠贤掌握了朝政的内外大权，开始以此案为由对东林党人进行镇压和杀害。

移宫案与梃击案、红丸案作为明末党争的标志性事件，被并称为晚明三大疑案或称明末三大案，牵涉到万历、泰昌、天启三代皇帝，学者阎崇年认为三案的发生将朝廷的注意力吸引到宫廷斗争上，国家大政、要政得不到及时处理，加速了宦官专权，使明末统治更加腐败。