红丸案是泰昌元年（公元1620年）发生的一起明光宗朱常洛服下红丸后离奇去世的案件，后成为“明末三大案”之一。

泰昌元年，朱常洛即位，登基仅十日因纵欲身体出现异样，并在服用了太医院崔文升所开药方后病情加重。后在服用鸿胪寺丞李可灼进献的红丸后于次日凌晨死亡。因所服用药丸称为“红丸”，该事件被后世称为“红丸案”。朱常洛去世后，朱由校朱由校登基，罢免了未劝阻李可灼献药的内阁首辅方从哲，将太医院崔文升发配至南京，贬李可灼充军。至此，“红丸案”了结。但由于该案疑点颇多，因而与移宫案、梃击案合称“明末三大案”。

“红丸案”导致了朱常洛突然去世，朱由校幼年即位，为后期宦官当政和东林党争埋下隐患，并成为了党争的由头。

朱常洛是明神宗的庶出长子，但因其母亲王氏有孕属于意外，她并不受神宗宠爱，因此，神宗并不待见朱常洛。万历十四年，神宗宠妃郑贵妃生子，取名朱常洵。因神宗偏爱朱常，欲“废长立幼”，立朱常洵为太子。但神宗的想法遭到了朝中大臣和李太后的反对，最后神宗让步，于万历二十九年（1601年）十月立朱常洛为太子，朱常洵为福王。该事件史称“国本之争”。

万历四十三年（1615年）五月初四，酉时，张差手持枣木棍闯入太子居住的慈庆宫，慈庆宫守卫松懈。后张差被发现，寡不敌众被生擒。当日，朱常洛前去礼佛，逃过了被张差梃击的命运。经刑部十三司会审，查明张差系京一带白莲教的一支红封教的成员，其首领为马三道、李守才，他们与郑贵妃宫内的太监庞保、刘成勾结，派张差打入宫内，梃击太子宫。此案件种种线索均指向郑贵妃，包括神宗在内，朝野上下均怀疑郑贵妃之兄郑国泰谋弑皇子，但在神宗和太子朱常洛的授意下，处死张差，郑氏一族得以保全。

1620年，万历皇帝驾崩，时年三十九岁的朱常洛在当年八月初一登基称帝，年号为泰昌，史称朱常洛。朱常洛登基，郑贵妃因之前的国本之争而心有不安，于是向朱常洛进献了诸多珍宝和美女，以供享用。朱常洛登基仅十日后，便身体不适，先由御医陈玺把脉治病，后又命内侍医官崔文升诊治。

八月十五日，崔文升给朱常洛服用了泻药大黄，朱常洛服药后，一晚上就腹泻三四十次，头晕目眩，四肢软弱无力，连走路都极为困难，这一情形使得群臣惊慌失措，不知缘故。兵科给事中杨涟斥责崔文升不知悉用药知识，认为崔文升向身体虚弱的皇帝下了泻药大黄，导致其病情恶化；朱常洛生母王氏和原皇太子妃郭氏等外戚则认为此中有郑氏集团的阴谋，哭诉崔文升用药并非失误，而是故意为之。

八月二十三日，鸿胪寺官员李可灼要求向皇帝进献仙丹。内阁首辅方从哲担心再现用药事故，故命李可灼离去。但李可灼于八月二十四日早又向太监进药，再次被方从哲等人拒绝。少时，朱常洛召十三名大臣，言语之间颇有嘱咐后事之意，众人垂泪。朱常洛对鸿胪寺官进献的仙丹抱有一丝希望，故命内侍宣召李可灼进宫诊视。八月二十九日，李可灼在为朱常洛分析病源和治疗方法后，进献红丸。方从哲不放心，要求李可灼和医官们商议后决定是否服用红丸，但医官们谁也不敢肯定到底该不该服用此药。中午时分，朱常洛服下红丸。

服用后朱常洛最初状态“暖润舒畅、思进饮膳”，众臣欢悦而散。傍晚，李可灼出宫前往内阁，向方从哲报告了皇上恐怕药力衰竭，需再服用一丸的情况，御医纷纷认为不应再服，但由于朱常洛催促甚急，便再服用一丸，但令人意想不到的是，九月初一五更，朱常洛身体情况急转直下，众大臣听到太监的紧急宣召匆忙入宫后，朱常洛已经去世了。

皇帝接连服用崔文升和李可灼提供的药物后突然死亡，二人难辞其咎。后处罚李可灼治戍，崔文升贬南京。及魏忠贤专权，又召崔文升总督漕运兼管河道。崇祯即位，将崔文升充孝陵净军。

方从哲的过错有待商，主要是他对红丸案的处理态度引发了众怒。当御史王安舜弹劾李可灼“庸医杀人”时，方从哲仅票拟“罚可灼俸一年”的处罚方案，后改为“驰驿回籍”。监察御史郑宗周奏请“寸斩崔文升”时，方从哲又票拟：“着司礼监议处。”崔文升本人是司礼监秉笔太监兼任御药房太监，这种决定无疑是让崔文升自己处理自己。无论是对李可灼还是崔文升，方从哲都有袒护之嫌，瞬间引起群臣反对，东林党人就此攻击方从哲。面对如此多的攻击弹劾，方从哲多次上书辞职，朱由校不允，但斥责声并未停息，最终方从哲请辞成功，由行人护送归籍。后大学士韩爌描述了献红丸前后方从哲犹豫纠结的阵势，明熹宗下旨追究崔李二人之罪，对方从哲之作为置若罔闻，红丸案草草收场。

红丸案中，方从哲的处理态度引起了东林党人的不满，御史王安舜等则上书弹劾方从哲轻易推荐狂医李可灼，方从哲旋即下台，由于方从哲当时为浙党的领头人，东林党人孙慎行、高攀龙等不肯罢休，要求继续追究方从哲逆弑之罪，后韩爌替方从哲辩解开脱，二党派为此又进行了一系列的政治斗争。

天启之初，东林党人因移宫案中护主有功，颇受朱由校朱由校信任。彼时，东林党首赵南星挤压排斥浙党等五党人，后熹宗宠任宦官魏忠贤，五党中部分成员投靠魏忠贤，成为阉党。天启四年(1624)六月以后，魏忠贤掌握了朝政的内外大权，开始对东林党人进行清洗。除了武力镇压外，魏忠贤决定将红丸案翻案，在文化记录方面丑化东林党人。给事中杨所修上奏，请将万历、泰昌、天启三朝有关梃击、红丸、移宫“三案”的诏令奏疏编辑成书，朱由校从之，后定名为《三朝要典》，该书将三案的全部罪过归结于东林党人，认为红丸案中，礼部尚书孙慎行无端怀疑先帝没有得到善终，甚至还附和不讨伐乱贼的说法，轻率地诋毁朱由校不能正当的即位，属于欺瞒皇上的行为。天启七年（1627年）八月，思宗即位，清算阉党罪行。崇祯元年（公元1628年）三月，天启中遇难的东林党人平反。崇祯元年五月，在倪元璐的请求下，损毁了《三朝要典》。此后，东林党人纷纷官复原职，阉党则被罢斥、关押甚至处决。

公元1644年，崇祯帝自缢身亡，其子未有一人逃出北京，故继统成了南明的重要问题。按照封建伦序观念，最应即位的是弘光帝朱由崧（朱常洵之子）。但东林党人因朱由之祖母是郑贵妃，万历到天启朝的梃击、红丸、移宫案均与其有关，担心福王即位会重翻旧案，不利仕途。钱谦益为东林党魁，四处游说“立贤”，提议立潞王朱常淓。最终，马士英拥立福王朱由崧为帝。弘光政权成立后，集中于南京附近的官僚们（多为东林-复社人士）以不准启用“逆案”等旧例为由阻止野官绅入仕，加固自己对朝堂的控制力，朱由崧不得不倚靠武将的支持，由此形成武将无功封爵，跋扈自雄的局面。

明史卷305《崔文升传》记载：“外廷汹汹，皆言文升受贵妃指，有异谋。”外戚王、郭两家认为崔文升给朱常洛服用泻药是受到了郑贵妃的指使，李康妃与郑贵妃勾结争取皇长子（朱由校）包藏祸心。崔文升原是郑贵妃宫人，这种关系令该事件显得尤为神秘莫测。杨涟认为，崔文升之药并非一人之举，而是宫闱之争，是前朝政治势力的斗争。郑季翘、惠世扬、焦源溥等东林党人及正直人士纷纷上疏，声讨郑贵妃。不过，即使争议和怀疑不断，郑贵妃也并未在此次事件中受到多严厉的惩斥。

学者朱亦灵认为，通过《问安揭帖》中的内容可推知至朱常洛即位，崔文升应在御药房已供职至少十四年，属于资深人员。受衔司礼监秉笔，可知其获宠。朱常洛在御医诊治不效后由崔文升开药，并非偶然事件，而应该是信赖与倚重之下的选择。朱常洛在世时，并未对崔文升进行惩罚，甚至连加衔都未剥削。朱由校朱由校即位后表示：“既该监査无别情，始从轻降处。”这证明赵惇与熹宗父子都认为崔文升用药仅是一次普通的医疗事故，并未因他曾在郑贵妃处供职而怀疑其动机 。

朱常洛确切死因成谜，至今众说纷纭。学者何孝榮认为，朱常洛死因是心力衰竭。与红丸并无关联。由于其即位前长期精神压抑，就已经患有心脏病或痨瘵；后又放纵色欲，导致病入膏肓，而崔文升使用性寒的大黄药，使其病情恶化，最终心率衰竭而亡。有人则认为，李可灼进贡的红丸药不对症导致朱常洛死亡，是庸医杀人。也有人认为，红丸案是一起郑、李等人策划的政治阴谋，郑氏包藏祸心，崔文升等人受其指使，故意加害于朱常洛。

红丸案中的“红丸”是何物并无统一说法。御史王安舜弹劾李可灼的奏疏中记载：“红铅乃妇人经水，阴中之阳，纯火之精也。”有人认为，所谓红丸，实则为红铅金丹之类，又称三元丹，由红铅、秋石、人乳、朱砂炮制而成。也有人认为，红丸即为春药。