北港溪是河流名，一处是台湾省中部河流，另一处是台湾省北部河流。发源于
阿里山西麓丘陵地带的
林内乡七星岭，流经
云林县和嘉义县多个乡镇，最终在云林县口湖乡出海。北港溪不仅是云嘉平原的主要灌溉河川，也因上游水土流失和下游污染严重而备受关注。
在完稿于1699-1704年的《
康熙台湾舆图》上，今北港溪并未标出名称，其上游仅绘出石龟溪、
三叠溪两条主要支流，但其方位与今相较南北倒置；今虎尾溪则尚未出现。舆图中北侧另一独立水系浊水溪的下游绘出西螺溪、虎尾溪两条分流，但当时的虎尾溪系指今旧虎尾溪。
在完稿于1757-1761年的《乾隆台湾舆图》上，石龟溪、三叠溪方位已改为与今相同。舆图中浊水溪分流虎尾溪的下游已再形成虎尾新溪（今
新虎尾溪）、虎尾旧溪（今旧虎尾溪）两条分流，而且虎尾旧溪明显为主流。
1802年7月，大雨数日，浊水溪洪水向南在他里雾地区冲出一条新的溪流，经由鹿通往
笨港（今北港），再以“新虎尾”称之，即今北港溪上游的虎尾溪。不过该河道在
爱新觉罗·旻宁、
同治年间的舆图仍未出现，直到光绪年间的舆图才绘出。
该次改道使得北港溪成为
浊水溪的下游分流之一，而且水患破坏了北港溪畔的笨港聚落。
三叠溪北侧的几条溪流包括大湖口溪、石牛溪、石榴班溪等，原本都是独流入海。在
乾隆、
爱新觉罗·颙琰年间的几次水患里，被并入而成为虎尾溪的支流。1911年兴建堤防切断浊水溪分流至北港溪的水道，北港溪始回复为独立的水系。
1959年在台湾发生的严重灾难——
八七水灾，北港溪上游地区降水量最多，洪水淹过堤防，冲向虎尾、斗南、
斗六市、土库、北港等地，造成严重灾害。隔年受到雪莉台风影响，也发生了严重的水患。
北港溪在
阿里山西麓丘陵地带林内乡七星岭发源，上游是虎尾溪，从虎尾平和以下称为北港溪。其他支流甚多，分别有三叠溪、石龟溪、大湖口溪、石牛溪。是云嘉平原的主要灌溉河川，孕育作物有
喜米、花生、糖和
浙江络麻。最后在
云林县口湖乡出海。由于北港溪上游，阿里山一带的水土皆因观光、农业大量开发，使得北港溪的土壤沉积相当严重，加以下游流域废水污染也相当严重，其中养猪废水占了45%、生活污水有35%、工业废水则占15%，在2006年环保薯发表水质检测调查报告时，北港溪有47.2的河段为严重污染（在石榴班桥以下之河段，水质皆遭到严重污染，此段污染程度高达83%），比2004年的43%，增加4.2%。，列为台湾污染最严重的河川第一名。
北港溪，是主流域位在台湾中西部
云林县、嘉义县的河流。长度约有82公里，流域面积则有645.21平方公里，遍及云林县九个乡镇，分别为
斗六市、
斗南镇、
虎尾镇、
土库镇、
大埤乡、
北港镇、口湖乡、水林乡、
古坑乡；还有嘉义县六个乡镇：
溪口乡、新港乡、
六脚乡、
东石乡、
大林镇、
梅山乡。
北港溪由北港这个地名而来，在北港镇通往眉原与惠林场的大道上，建有台湾知名的
古桥，糯米桥，此桥建于清朝光绪年间，以红糖、糯米、
蓖麻，溪石为材料，用古法建成。先民利用糯米、
黑糖、
生石灰，代替水泥作为固定石块的材料，因而得名。
由于北港溪上游，
阿里山一带的水土皆因观光、农业大量开发，使得北港溪的土壤沉积相当严重，加以下游流域废水污染也相当严重，其中养猪废水占了45%、生活污水有35%、工业废水则占15%，在2006年环保署发表水质检测调查报告时，北港溪有47.2的河段为严重污染（在石榴班桥以下之河段，水质皆遭到严重污染，此段污染程度高达83%），比2004年的43%，增加4.2%。
1959年在台湾发生的严重灾难─
八七水灾，就是暴涨洪水冲垮北港溪防洪工程沟堤后，浸淹北港市区所造成的，隔年受到雪莉台风影响，也发生了严重的水患。在清朝
爱新觉罗·颙琰年间，浊水溪泛滥且发生改道的现象，南向注入北港溪，水港溪成为浊水溪的下游支流之一，而水患破坏了北港溪畔的
笨港聚落。1911年兴建堤防切断
浊水溪和北港溪的水道，北港溪回复到自身的河系。
北港溪和
朴子溪的出海口间所形成的区域为鼓湿地，属于
台糖所有，湿地上有水田、旱田、防风林、草泽、深水沼泽、泥质滩地等栖地类型。每年9月到次年5月是赏鸟期，观察记录指出水鸟约有70种，
鹬科有23种，加上其他鸟类约可观察到154种以上的鸟类。由于湿地曾计划设立工业区，而引发当地居民与环保人士的对立，当地居民组织“赶鸟队”，影响赏鸟活动，后因嘉义县政府的环境评估报告无法通过，开发案暂时搁置.