皖系军阀，北洋军阀集团中与直系军阀、奉系军阀鼎足而立的三个重要派系之一，以段祺瑞为首，主要将领有徐树铮、靳云鹏、段芝贵、卢永祥等。皖系军阀因首领段祺瑞是安徽合肥籍人而得名。

段祺瑞为北洋军元老，因袁世凯复辟与其产生矛盾。1916年6月，袁世凯死后，段祺瑞任国务院总理，成为皖系首领。执政期间，段祺瑞与总统黎元洪之间产生矛盾，在参加第一次世界大战问题上与其对立，形成府院之争，1917年5月，段祺瑞被免职，之后借丁巳复辟重掌政权，为扩大势力，对日取得“西原借款”。为打击直系势力冯国璋，1918年10月，段祺瑞在新国会选举中组建安福系，收买议员操纵选举，助徐世昌当选大总统。此后，段祺瑞任参战督办，操纵北京政府，同时编练参战军。由此引发了皖直矛盾，导致直皖军阀进一步分裂。因重掌政权的段祺瑞不愿意恢复《临时约法》和国会，孙中山在广州市成立军政府，发起护法运动，形成了南北双方对峙的局面。1919年2月，南、北双方代表在上海举行议和会议，5月宣告破裂。1919年秋，直、苏、鄂、赣、奉、吉、黑、豫在内的八省形成反皖同盟，一致决定反皖。1920年7月14日夜，直皖战争正式爆发，23日，直皖战争结束，皖系战败。接着，大总统徐世昌下令裁撤督办边防事务处，解散西北边防军及安福国会。至此，皖系政权垮台。1924年，江浙战争爆发，皖系军阀仅存的地方势力浙江省卢永祥、上海市何丰林，因不敌直系齐燮元，最终也被铲除。1924年至1926年，段祺瑞短暂出任民国临时执政，但因其无实权，皖系军阀并未重振。

以段祺瑞为首的皖系军阀继承袁世凯对外卖国政策，向日本借款用于购买军火、扩充兵源及发动内战，依靠卖国独裁维持其统治，极不得人心。皖系军阀主政时期，造成中原地区主权进一步丧失，日本在华势力剧增。段祺瑞强化独裁统治，使中国人民遭受空前严重的灾难。

皖系军阀因首领段祺瑞是安徽合肥籍人而得名。“皖系”这一名号虽是袁世凯去世、北洋军阀集团发生分裂以后才出现的，但早在北洋建军时期，这一军阀派系已经开始孕育，至袁世凯统治后期，随着袁世凯因帝制自为而导致众叛亲离，逐渐丧失对政局及北洋集团的控制能力，“皖系”乘机迫袁交权，逐步控制了中央政权。袁世凯死后，北洋军阀集团因失去了唯一有资望与能力统摄全局的人物而迅速趋于分裂，“皖系”与直系军阀一起，成为控制中央政权、左右当时政局的一个军阀派系势力。

段祺瑞自袁世凯在小站镇练兵之始即加入北洋军，为北洋军元老之一。袁世凯亦对其信任有加，倚为左右手，在民国成立后授以陆军部长职，为其掌管军权。但段对袁称帝不以为然，未予劝进，而袁不仅对段反对其称帝大为不满，同时为传子之目的，亦不容段再掌兵权，故自其开始酝酿称帝后，即将段弃置闲散，两人过往之亲密关系名存实亡。

1916年3月，袁世凯在举国声讨中撤销帝制。然而，袁世凯仍窃居总统职位，激起全国反对。于是起用段祺瑞为国务卿收拾时局。任职国务卿后，段祺瑞着手惩灭帝制祸源，并调和西南，以维护国家统一。6月，袁世凯死中南海，黎元洪就职总统职务。但南北就新旧《约法》问题引发争端，最终段祺瑞下令恢复旧《约法》、召集国会，争端始止，中原地区复归统一。

1916年6月29日，黎元洪发布大总统策令，形成以段祺瑞为国务总理的内阁。唐绍仪为外交总长、许世英为内务总长、陈锦涛为财政部长、程璧光为海军总长、张耀曾为司法总长、孙鸿伊为教育总长、张国淦为农商总长、汪大燮为交通总长，同时，段祺瑞兼任陆军总长。但是却遭到了各派势力的反对。

经过黎元洪、段祺瑞多方斡旋。最后形成了外交唐绍仪（未到任前陈锦涛兼署）、内务孙洪伊、财政陈锦涛、海军程璧光、司法张耀曾、教育范源濂、农商谷钟秀、交通许世英，国民党系、进步党系仍占据内阁大多数的格局。9月，国务总理、内阁成员均获国会一致通过，段祺瑞政府正式成立。

段祺瑞以国务总理身份把持北洋政府，至此，成为北洋军阀皖系的首领。以他为首的皖系军阀形成了一个强大的军事集团。徐树铮、靳云鹏、曲同丰、傅良佐被称为“皖系四大金刚”。此外，段芝贵、吴光新、卢永祥等都是皖系干将。段祺瑞凭借其军事实力，欲控制全国，并通过重新任命各省督军、省长的机会，把安微、山东省、福建省等省完全控制在手，又拉拢山西省、陕西省、河南省等省地方军阀依附皖系。

根据《临时约法》的规定，大总统和国务院的职权各有分工，大总统的权力除了受国会的制约外，主要受到须经内阁成员副署规定的限制。黎元洪出任大总统时并无实际政治力量为依托。因此，黎元洪与段祺瑞之间产生不少矛盾，而偏向黎元洪的内务部长与段祺瑞亲信徐树铮多有冲突，逐渐发展为内务部和国务院的冲突，最后演变成以黎元洪为代表的南京总统府，和以段祺瑞为代表的国务院互为对立面的府院之争。而为了使矛盾的解决于己有利，府院双方又各自拉拢、争取其支持者，黎元洪得到前中国国民党人和西南地方实力派的支持，段祺瑞则得到北洋系军人和研究系（前进步党人）政客的支持。之后，徐树铮和孙洪伊的免职缓解了府院之争，随后中国是否参加第一次世界大战这一问题，又激化了府院之争。

黎元洪集团，在英、美帝国主义的支持下反对参战。段祺瑞集团，在日本帝国主义支持下，主张参战。其结果是主张参战的段祺瑞集团获胜。于1917年3月3日，在段祺瑞主持下，内阁通过了对德绝交的议案。黎元洪借口国会未通过，拒绝在议案稿上签署。于是段祺瑞便愤然离去，以离职相要挟。黎元洪便先发制人，5月23日，下令免去段的国务总理职务，由伍廷芳代理。

之后，以段祺瑞为代表的皖系便煽动十余省区的军阀通电“独立”，发兵进逼北京。7月，张勋乘机拥爱新觉罗·溥仪丁巳复辟，段祺瑞率兵讨伐，在全中国人民声援下，迅速打败张勋，于是段祺瑞自称为“再造共和”功臣重新控制政权，组成以亲信下属为主，并得到研究系相助的施政班底。直系首领冯国璋虽接任北京政府总统，但无实权。一时间北京政治成为皖系施展身手的舞台，北京政府也基本为皖系所把持。

为了扩张势力，段祺瑞寻求日本的经济支持，通过西原龟三向日本借款。日本政府通过西原龟三以民间借款的方式借出1.45亿日元的“西原借款”，大部分借款并未偿还。段祺瑞用日本借款操纵国会选举，实行皖系独裁，达到了段祺瑞统治的极盛时期。“西原借款”弥补了段祺瑞政府的财政亏空，而把电信、铁路、林矿等方面的主权作为抵押品出卖给日本帝国主义。通过借款，日本在中国的势力明显增强，掠夺了“二十一条”中关于东北地区、山东省和福建省等省的路矿特权，获得了在中国电信、交通事业上的垄断地位。段祺瑞和日本陆军代表秘密签订延长军事协定的条约，在中东路沿线驻军，在哈尔滨市设立兵站，使得中国东北成为日本反苏武装干涉的前哨基地。

段祺瑞重任国务总理后，拒绝恢复《临时约法》和国会。孙中山在广州市成立护法军政府，并被选为军政府大元帅，开展了护法运动讨伐段祺瑞，南北双方形成了对峙的局面。段祺瑞决定对南方用兵，以实现“武力统一”。

1917年10月，段祺瑞派直系军队进入湖南省与桂系军队对抗。直系军阀冯国璋则勾结南方军阀，企图窃夺北京中央政权。11月，直系军队要求停战。直隶、江苏省、湖北、江西省等省直系督军联合通电迫使段祺瑞辞职。12月，冯国璋任命王士珍为国务总理，组成新内阁，表面上直系军阀控制了北京中央政权。但王士珍将陆军总长的职位让给段祺瑞的亲信，并宣布段祺瑞为“参战督办”。12月到次年1月，段祺瑞在日本政府的支持下再次策动皖系督军团，主张对南方实行“武力统一”。皖系督军团乘机联合发表通电，迫使冯国璋任命段祺瑞为国务总理，段祺瑞再次组织新内阁。但直系军阀和南方护法军军政府纷纷通电响应公开反对段祺瑞，段祺瑞的“武力统一”宣告失败。

段祺瑞决定打击直系势力，驱逐直系冯国璋。1918年10月，他在新国会选举中组建安福系，用日本借款收买议员，操纵选举，使徐世昌当选大总统。段祺瑞宣称与冯国璋同时下野，事实上，段祺瑞任参战督办，可以操纵北京政府同时编练参战军。

冯国璋下野后则一无所得，这引起了直系军阀的不满，导致直皖军阀进一步分裂。徐世昌上台后，开始筹备南北和议。段祺瑞和日本的利益交换导致了英美法系等国的不满，美国加紧侵略中国，对企图独占中国的日本施加压力。日本不得不同意“南北议和”，停止对中国的单独借款。被操纵的南北和谈实质上是南北军阀分配卖国借款的分赃会议。日本表面上同意和谈，实际上积极支持段祺瑞东山再起。段祺瑞不断扩充皖系势力，皖系控制了山东省、山西省、安徽、浙江省、福建省、陕西省、甘肃省、新疆八省与热河、察哈尔省两个特别行政区及淞沪护军使所辖区域。皖军总兵力达20多万，处于军事上的鼎盛时期。曹锟、吴佩孚逐渐成为直系领袖扩军备战，直皖战争已经不可避免，南北和谈拖延一年之久毫无结果。

1919年2月，南、北双方代表在上海举行议和会议，到五月会议宣告破裂。曹、吴佩孚与唐继尧等人暗中结成了直系与西南军阀的反皖军事同盟。日美矛盾制约下的皖直矛盾发展成为1920年的直皖战争，再加上皖直矛盾日益激化的时候，传来了“巴黎和会”上中国外交失败的消息。北洋政府激起全中原地区民众的愤慨，“五四”运动爆发，全中国人民强烈要求惩办曹汝霖、章宗祥、陆宗舆等人，遭到段祺瑞的包庇。曹锟、吴佩孚利用人民群众的爱国热情，公开指责段祺瑞政府为卖国政府，而将自己打扮成爱国将领，从而骗取了社会舆论的支持，实际上，直皖两系暗中加紧备战。各阶层的人们罢工、罢课、罢市，波及全国20多个省市150多个城市。6月10日，曹汝霖、章宗祥、陆宗舆三人被免职。9月24日，靳云鹏兼代国务总理，11月5日，正式任国务总理。

1919年秋冬时节，直、苏、鄂、赣、奉、吉、黑在内的七省形成反皖同盟，后又加入豫督赵倜，成为八省反皖同盟。同盟一致决定反皖。1920年7月，直系军阀联合奉系军阀和西南军阀，利用五四运动以后皖系军阀声名狼藉的时机，发动了直皖战争。日本公开支持段祺瑞，美、英帝国主义支持直系军阀曹锟、吴佩孚。张作霖也陆续派军队入关对段祺瑞作战。直系在美英大力支持下，利用反对段祺瑞政权的人民群众的力量获胜，控制了北京政府。7月14日夜，直皖战争正式爆发，激战于逐州、高碑店市和杨村。同时奉军也陆续入关，帮助直系。结果，皖军一败涂地。7月19日，段祺瑞被迫通电辞职。7月23日，直、奉军进驻北京，直皖战争结束。接着，大总统徐世昌下令裁撤督办边防事务处，解散西北边防军，解散安福国会。至此，皖系政权垮台。

直皖战争后，段祺瑞被曹锟下令囚禁一年，但他从未忘怀东山再起，加上始终效忠于他的浙江省卢永祥、上海市何丰林又处在直系势力江苏省、安徽、江西省、福建省四省包围之中，岌岌可危，他便凭借北洋政府首领身份，暗中联络各种派系，建立了段、张、孙反直大三角联盟，又争取到山西省督军阎锡山和山东省督军郑士奇等地方实力派的支持，策划推翻直系军阀曹锟、吴佩孚。1922年，在孙中山和段祺瑞的支持下，张作霖在天津市打响的直奉战争以失败而告终，奉军退回关外。曹锟、吴佩孚独霸北京政权。张作霖退居东北地区时积极在关外联络段祺瑞作为反直力量，段祺瑞便在张作霖的资助下开展瓦解直系的行动。

1924年9月3日，曹锯、吴佩孚以卢永祥收纳臧致平、杨化昭部为招降纳叛做借口，命令江苏省齐燮元、福建省孙传芳夹攻浙、沪，企图以迅雷不及掩耳之势夺取浙、沪，然后再集中力量对付奉系，以达到各个击破的目的。江浙战争正式爆发。江浙战争爆发的第二天，奉系张作霖立即开始军事行动。第三天，孙中山宣布移师北伐。10月9日，卢军不敌齐军，退出淞江。10月13日，卢永祥通电下野，何丰林、陈乐山、臧致平、杨化昭等同时离职，意味着皖系在地方的势力也告终结。

1924年，直奉第二次大战爆发。段祺瑞策动冯玉祥反戈，一举推翻了曹、吴的独裁统治。阎锡山和郑士奇则听从段祺瑞的指示，阻止直军各部北上援助曹、吴。第二次直奉战争后，奉系和冯玉祥的国民军的实力大增，张作霖与冯玉祥拥戴段祺瑞出山主持政务。1924年11月10日，张作霖到天津市，立即电邀冯玉祥来津与段祺瑞会晤，召开“天津会议”。11月24日，段祺瑞宣誓就任临时执政，再次上台成为中华民国国家元首。

上台后，段祺瑞临时执政府的财政极端困难，“中法实业银行协定"引发了金佛郎案，协定要求中原地区必须以金法郎多付6200余万两庚子赔款。法国串通《辛丑条约》有关各国扣留中国关税款，向中国施加压力，他最后屈服于法国的压力，接受法方的无理要求。此事在社会上引起轩然大波，金法郎案的协定未能实施。1926年3月18日，日本等八国提出要北洋政府撤出天津大沽口军备，引发北平市学生抗议，举行请愿游行。军警屠杀爱国请愿学生，引发了震惊中外的“三·一八惨案”惨案。事件发生后，段祺瑞政府陷于全中国人民的声讨中，遭到了强烈谴责，在强大的压力下，4月20日，段祺瑞被迫辞职。此次执政，因段祺瑞并无实权，皖系并未重新形成势力。

皖系军阀不断借助外力以扩充派系实力。在皖系军阀形成发展过程中，随处可见日本的影响。在府院之争中，段祺瑞力主参战，原因之一是为了借机向日本借款，扩充自己的势力，他与日本签订了《西原贷款》和《陆军防敌军事协定》，不仅出卖国家利权，给了日本可以在中国境内驻兵并指挥军队的权利，而且利用借款，大举练兵，缔造了完全属于他个人的武装力量一一参战军。

皖系军阀政府有责任内阁制之名，实质实行的却是军阀独裁统治。段祺瑞出任国务总理后，基于传统的行政权力独大的政治理念，无视立法机关的制约作用，一味追求着独裁统治，摧残国会及约法等民主的权力机构和立国大法至高无上的尊严，将行政权力凌驾于其上，破坏民主共和制。大总统也被其视为盖章工具。而且，他纵容军人干政，利用手中的军队，非法干涉政务。

皖系军阀对内实行武力统一。段祺瑞为了牢固控制政权，建立皖系军阀对全中原地区的统治，当政时期积极推行武力统一政策，企图凭借手中的军事力量，消灭割据的西南军阀和反对北洋政府的中国国民党势力。自1917年底至1920年，武力统一推行了三余年，不仅没有实现上述目的，反而激化了各种矛盾，成为皖系军阀集团力量及其统治由巅峰走向衰弱的导火线。

皖系军阀内部成员之间的关系带有明显的封建依属特性。段祺瑞凭借其个人在北洋集团中的资深地位及通过督办各类军事学堂，使北洋军阀的大部分将领不是他的门生就是他的下级，以上下级和门生关系维系对段祺瑞的向心力。

段祺瑞为首皖系军阀时期，段祺瑞与日本人构成了稳定的单一购销关系，为装备参战军3师5旅，段分别于1917年11月和1918年7月两次大规模地与日本签订军械订购合同，前者总金额为日元17,186,461.92元。后者总金额为日元23,643,762元，购械计有：三八式步枪85,000枝，子弹67,500,000发；三八式机关枪198挺，子弹9,500,000发，附零件6种；山炮162门，空爆弹81,000发，高爆弹16,200发，附零件15种；三八式野炮72门；军车180辆，零件6种。

段祺瑞为首皖系军阀时期，造成中原地区主权进一步丧失，日本在华势力剧增。在卖国方面，段祺瑞比袁世凯更加肆无忌惮。段政权几乎清一色的聘用日本人为顾问，例如政治顾问有贺长雄、军事顾问青木宣纯等。日本帝国主义通过借款、军事协定和派遣顾问取得了空前多的权益，几乎全面控制了北京政府的财政、税收、电信、军队和警察，取得了许多条重要铁路的经营权和森林矿山开采权，并直接侵占东北地区、山东省等大片领土。

段祺瑞强化独裁统治，使中国人民遭受空前严重的灾难。段祺瑞自恃有日本帝国主义的全力支持，比袁世凯更厉害地实行军阀专制统治。1918年3月段第四次也是最后一次担任内阁总理期间，利用日本借款编练的参战军勾结奉系军阀，共同逼迫直系军阀从事对西南地方反对派的战争，企图实现其武力统一的梦想。又趁对南方军事胜利时机，用日本借款收买议员，拼凑“安福俱乐部”，操纵国会选举，炮制安福国会。并以没有实力的徐世昌取代冯国璋的总统职务，使北京政权完全掌握在皖系手中，达到了段祺瑞统治的极盛时期，标志着日本在和英美争夺中原地区方面的一个胜利。

段祺瑞为武力统一全国、实行皖系独裁，借参战为名，大肆扩军。陆军人数从1914年的四十五万七千人增至1918年的八十五万人，1919年又猛增至一百三十八万人，平均每年军费开支达二亿多元，占北京政府财政总收入的70%以上。这浩大的军费支出，除一部分靠日本借款外，大部分靠加重剥削人民，所捐税层出不穷，比袁世凯时期成倍地增长。1918年发行的国内公债达一亿四千万元之多，为北洋军阀统治时期内债发行最高的一年。沉重的赋税负担，再加连年军阀混战和水旱灾害，使中国人民陷入水深火热的境地。

段祺瑞为首皖系军阀时期加剧了日本和英美之间在华的矛盾，最终导致1920年的直皖战争。1918年秋，美国向英、法、日提议建立四国银行团，共同对中国投资，条件是各参加国应将对中国全部借款和通过借款获得的优先权归四国银行团共有，不许一国独占。这是明显地对日本施加压力，要日本放弃在第一次世界大战期间独占中国的果实。另一方面，美国总统托马斯·伍德罗·威尔逊威逼段祺瑞“速谋统一”“恢复和平”。英法海底隧道公使联名向段政府提出《严重觉书》，责备段“所编参战军，又不予之参战，而专供内争”，矛头直指日本。日本在美英法三国联合压力下，加上日本国内方面的原因，不得不停止对中国的单独借款，并同意“南北议和”。帝国主义操纵下的南北和谈实质上乃是南北军阀分割地盘，分配卖国借款的分贬会议，反映了美英限制日本独霸中国的斗争。日本表面上同意和谈并让段祺瑞辞职，实际上积极支持段准备东山再起。段以“参战督办”名义，继续控制参战军，垄断参战借款和善后借款，不断扩充皖系势力，使南北和谈拖延一年之久亳无结果，终于使日美矛盾制约下的皖直矛盾发展成为1920年的直皖战争。直系在美英大力支持下，利用皖直矛盾和痛恨段政权的人民群众的力量打败皖系，中日军事协定和安福国会被取消，参战借款被停止，直系和奉系取代皖系控制了北京政府，标志着支持段祺瑞的日本帝国主义在和英美争夺中原地区方面的一次失利，表明日本不再能独霸中国。

在北洋军阀中实力最强，声望最高的是段祺瑞。段祺瑞有自己控制的派系和军队，辛亥革命后，段祺瑞在出任陆军总长时，一方面拉拢大批亲信，安插到主要的岗位，一方面极力扩充自己的军事实力，形成以他为首的军事集团。段祺瑞是袁世凯遗嘱中的继承人之一，但是，当时的形势，对段祺瑞出任总统不利，一是南方还有护国军存在，对他是个威胁；二是军事实力派冯国璋等对他不服气。因此，只能让非北洋系的黎元洪出来，为北洋派收拾残局。同时，不论根据新约法或旧约法，黎元洪以副总统的资格也有出任总统的条件。这样，段祺瑞就以黎元洪作政治工具，自己出任国务总理掌握了北京政府的实权。

段祺瑞的北京政府一开始并不稳定，国会恢复后，中国国民党议员回京与黎元洪结合，与皖系军阀段祺瑞抗衡，冯国璋也不服段祺瑞。1917年，段祺瑞被免去职务，下台后煽动“督军团”叛乱，同时，张勋拥立丁巳复辟，段祺瑞于天津马厂誓师，迅速将张勋击败，迫使溥仪再次“退位”。由此，段祺瑞以“再造共和”的功臣自居，重掌北京政权，以冯国璋为总统，实行专制独裁统治。段祺瑞勾结研究系，抛弃国民党议员占多数的旧国会，重新组织御用参议院，以参战之名，乘机扩充他的“参战军”，以武力控制全国。段、冯的专制独裁，引起了西南军阀的反感，于是他们支持孙中山组织护法军政府与之对抗，此后形成了南北对峙、直皖分裂的混战局面。

段祺瑞把持的北京政府继承袁世凯对外卖国政策。段祺瑞政府向日本借款用于购买军火、扩充兵源及发动内战。在日本支持下，段祺瑞打败孙中山依靠滇、桂军阀发起的护法运动，又与日本订立“中日共同防敌协定”，使日本军队以“共同防敌”为名占领东北和蒙古广大地区，且在“山东省问题秘密换文”中承认日本在山东特权，遭全国强烈反对。段祺瑞不顾反对，利用借款和收买安福系，在日本主宰和督军团挟持下，1918年安福国会选举徐世昌为总统。段祺瑞在日本支持和督军团依靠下企图武力统一政策，英、美等国因怕中国长期内战损失在华利益支持徐世昌进行“和平统一”。

段祺瑞政府靠卖国独裁维持其统治极不得人心。1919年“五四运动”的爆发，革命群众反帝反封建的矛头直指段祺瑞反动政府。在人民群众革命怒潮的打击下，五四运动后，段祺瑞政府完全陷于孤立。皖系以卖国的罪名，暴露在中国人民面前，其统治势力日渐削弱下去。直系乘机攻击皖系，直、皖矛盾尖锐化，终于在1920年7月爆发了直皖战争。战争从7月10日至18日，不到10天，皖系迅速溃败。随后，段祺瑞自请免职，皖系宣告失败。

学者莫建来评价，皖系军阀是北洋军阀集团中与直系军阀、奉系军阀鼎足而立的三个重要派系之一，也是中国近现代历史上一个占据重要地位并产生过相当大影响的军阀派系。