穗深城际铁路（Guangzhou-Shenzhen Intercity Railway）简称穗深线，原名穗莞深城际铁路，是中国广东省境内一条连接广州市、东莞市和深圳市的城际铁路，呈南北走向，为珠三角城际快速轨道交通的主干线路之一，也是珠江三角洲东岸城市群的市郊铁路，是珠江三角洲地区轨道交通同城化建设的首个开工项目。

2008年12月21日，穗深城际铁路在深圳开工建设。2010年6月30日，穗深城际铁路的首片箱梁在穗深城际轨道工程Ⅰ标段完成浇筑。2011年10月16日，“穗莞深先锋三号”的始发，标志着珠三角城际轨道建设重心正式转入地下盾构施工阶段。2014年3月，穗莞深城际铁路深圳段开工建设。2015年12月26日，穗莞深城轨北延段—新塘经广州白云国际机场至广州北工程全线开工。2018年12月26日，琶洲支线正式开工建设。2019年12月15日，穗莞深城际铁路开通运营。2020年6月29日，穗莞深城际深圳宝安国际机场至前海段工程项目举行开工仪式。2021年4月10日，穗深城际铁路全线唯一客货两用综合性车站——石牌站正式开办客运业务。2024年5月28日，深圳地铁发布《深铁城际运营保险(2024—2027年度)项目采购公告》信息显示，穗莞深城际铁路计划于2024年9月1日移交深圳市地铁接管并运营。

穗深城际铁路线路全长86.62公里，其中正线全长73.996公里，设计时速140公里。全线共设有新塘南站、中堂站、望牛墩站、东莞西站、洪梅站、东莞港站等15个车站。穗深城际铁路采取公交化运营模式，所有座位不对号入座，且车票为电子票，旅客可以随时买票随时出行。穗深城际铁路正式开通后，缩短了往返穗、莞、深三地的时间，串联起珠江东岸经济发达城市组团，为构建粤港澳大湾区1小时经济生活圈、打造世界级城市群发挥了重要作用。

2001年，《珠三角经济区城际快速轨道交通线网规划》预审稿出台，该规划方案计划投入2000亿打造珠三角城际快轨，以广州市为中心，辐射整个珠三角，连接城市地铁，并在广州市近郊结合城市轨道交通形成环线。在全工程的初、近期目标中拟建广州市—南岗段市郊列车及南岗—东莞市—虎门镇—深圳市的城际铁路。同年6月，广东省发展计划委员会评审通过《珠江三角洲城际快速轨道交通线网规划》，城际快速线南岗至东莞市，直达快速线广州至深圳纳入初期建设计划。

2002年9月12日，在广东省举办的《珠港澳交通网络规划与发展—提高区域竞争力》研讨会上，时任广东省建设厅副厅长房庆方首次提出在珠三角各城市（含香港特别行政区、澳门）构建一小时经济圈概念，建设以广州市为中心，以广深、广珠经济带为主轴，联接珠三角各城市的城际快速轨道交通系统。时任广东省政府秘书长陈坚透露，广东省已经启动珠三角城际快速轨道的建设。随后，广东省政府批准《珠江三角洲经济区城际快速轨道交通线网规划》，拟先行建设广州至深圳市城际轨道主轴线路，并规划设计顺德区—番禺区—东莞的联络线路，增加琶洲街道至东莞接入广深城际轨道的线路规划。

2003年3月13日，时任东莞市长黎桂康表示，省计委已将东莞与广州市、深圳的轻轨铁路连接纳入规划，修建轻轨可以把广州、深圳、东莞这个经济走廊更紧密地连为一体。同年9月9日，珠江三角洲城际快速轨道交通筹备办表示，广州市至深圳市城际轨道交通项目进入启动阶段，线路设计起于广州地铁5号线蟹山站，经东莞市至深圳皇岗，全长132.5公里，计划2010年前建成使用。

2004年，珠三角城际快速轨道交通广深段项目建议书由铁道部和广东省联合上报中华人民共和国国家发展和改革委员会。同年，根据《中长期铁路网规划》，“十五”建设规划包括广州—深圳市城际客运系统。截至同年12月底，广深城际轨道交通项目处于线路方案论证等前期工作阶段。

2005年3月16日，国务院审议并原则通过《环渤海京津冀地区、长江三角洲地区、珠江三角洲地区城际轨道交通网规划》，此规划中提到在2005～2020年期间建设全长131公里的广州市—东莞—深圳市城际轨道交通线，采取合理的技术制式方案、技术标准和运行组织模式，实现快速度、公交化、大容量运输。

2006年8月，在深圳市人民政府与铁道部的签约仪式上，穗莞深城际铁路公布在了国家铁路深圳地区布局规划图中。2006年至2007年期间，广州、东莞、深圳之间除既有改造提速的广深铁路外，还规划有广深港高速铁路。为区分不同方位的城际线路 ，广州至深圳沿珠江东岸铁路又名穗莞深城际铁路，简称穗莞深城际线。

截至2007年3月12日，广州至深圳宝安国际机场段的工程预可行性研究已完成。同年11月13日，深圳市发展和改革局表示，穗莞深城际铁路项目前期工作全面展开。

2008年2月，广东省十一届省政府第一次常务会议原则同意批准穗莞深城际轨道交通项目建议书，初步设15个站，全长约97.608公里。同年12月21日，穗莞深京雄城际铁路东莞市—深圳机场段在宝安区举行开工仪式。按当时的规划，穗莞深城轨起于广州地铁5号线鱼珠站，经广州市庙头、开发区，东莞麻涌、洪梅镇、沙田镇、厚街镇、虎门镇、长安镇，深圳松岗、沙井、福永街道、机场北，终点为深圳机场站（预留至福田区中心区条件），设16个站，全长约86.62公里，总投资196.9亿元。东莞市—深圳宝安国际机场段先行开工，全长70.4公里，总投资156.78亿元，原计划总工期3年。深圳机场往南至福田中心区段建成后，线路全长118公里，设站22个，平均站间距5.6公里，全程列车运行时间约83分钟。此外穗莞深城际铁路东莞段原计划经麻涌、望牛墩镇、道滘镇、汽车总站、深圳国际会展中心、厚街镇、虎门镇、长安镇进入深圳市，途经东莞市中心，但在2008年9月，方案改为经东莞西部，经麻涌、洪梅镇、沙田镇、厚街、虎门、长安。

2009年5月8日，东莞市至惠州城际轨道交通项目开工建设，该项目线路走向起于穗莞深城际轨道交通东莞洪梅站，在东莞境内经道滘、南城、东城、寮步镇、松山湖、大朗镇、常平镇、谢岗镇等镇（区）；在惠州境内经沥林、陈江街道、惠环、惠城区等镇（区）；终点为惠州市惠州大道，线路全长约97公里，全线设站13个，速度目标值为200公里/小时。同年9月，中国国家发展和改革委员会批准《珠江三角洲地区城际轨道交通网规划（2009年修订）》，明确2009至2015年，重点推进广州市～东莞市～深圳市城际轨道交通项目建设。优先利用广深港高速铁路和既有广深铁路等开行城际列车，在充分发挥既有资源作用的基础上有序推进城际轨道交通建设。

2010年5月5日，珠三角城际轨道交通的首环管片——穗莞深3标第一块管片顺利完成浇注。同年6月30日，穗深城际铁路的首片箱梁在穗深城际轨道工程I标段完成浇筑。同年8月10日，广东省人民政府办公厅印发《珠江三角洲基础设施建设一体化规划（2009—2020年）》的通知，统筹建设城际轨道交通网络，重点加快建设广州市—东莞市—深圳市城市轨道交通。同年12月21日，广东省自然资源厅批准建设用地5.8175公顷，作为穗莞深城际轨道交通东莞至深圳段（深圳段）项目建设用地。

2011年4月26日，广东省自然资源厅批准建设用地59.2043公顷土，作为穗莞深城际轨道交通东莞段工程建设用地。同年5月27日，中铁十六局集团轨道公司承建的穗莞深城际SZH－3标项目第一台盾构机—“穗莞深先锋一号”始发，拉开了珠三角城际轨道建设盾构施工的帷幕；同年9月29日，“穗莞深先锋二号”始发，与“穗莞深先锋一号”盾构机进行双线掘进；同年11月16日，“穗莞深先锋三号”的始发，标志着珠三角城际轨道建设重心正式转入地下盾构施工阶段。

2012年6月5日，穗莞深城轨广州市至东莞段环境影响报告书公示，穗莞深城际铁路广州至东莞段沿线设立15个站点（原计划的东莞麻涌站被撤销），并在中途设立新塘、中堂镇、望牛墩镇、望洪（莞惠线、穗莞深共用站）4座高架车站，其中在增城新塘站将与未来广州的地铁13号线、16号线连接换乘。报告书亦提到，线路建成后列车通过时会影响沿线用天线看电视的用户，并建议对受影响的电视用户预留有线电视接入条件补偿费。2012年6月6日，穗莞深城际铁路取消麻涌站，站点改为新塘、中堂、望牛墩、望洪、洪梅镇、沙田镇、厚街镇、虎门站、虎门商贸城、长安厦边、长安金沙、海上田园、和平、机场北、机场东；同时，拆分广莞惠城际铁路莞惠段，莞惠城际铁路与穗莞深城际铁路在东莞西站呈十字形立交叉上下换乘；8月7日，东莞市政府同意在望洪站设广惠城际铁路与穗莞深城际铁路接轨的西南联络线 ；10月17日，穗莞深城际铁路规划起始站西移至广州东站，增设广州东、石牌、吉山三站。

2014年3月，穗莞深城际铁路深圳市段开工建设，项目总投资51亿元。2015年7月，穗莞深城际铁路广深铁路III、IV线新塘至广州东站沿线车站规划修改方案获通过，新方案中新塘至广州东站沿线将设石牌站、奥体中心站、吉山站和下元站4个车站，相关路段全长30公里。

2016年9月7日，穗莞深城际铁路广州东站线路引入工程在石牌站启动 ；10月15日，深圳段线路开建。2017年，穗莞深城际铁路广州东站线路进入施工阶段；9月1日，穗莞深城际铁路新建奥体中心站Ⅲ线开通。同年11月17日，石牌站员工天桥完成吊装，站房施工进入收尾阶段。2018年8月20日，穗莞深城际铁路深圳段横涌海特大桥主桥140米连续箱梁拱桥成功合拢。同年10月16日，穗莞深城际铁路新塘至中堂站区间第一对500米长轨落槽，全线铺轨施工正式启动。

2019年8月23日，穗莞深城际铁路工务工程静态验收专业审查会议在北京进行，静态验收报告顺利通过专家评审。同年12月5日，穗莞深城际铁路完成初步验收，项目各项测试指标满足动力分散式列车列车速度达到140公里/小时标准的要求。同年12月15日，穗莞深城际铁路开通运营。采取公交化运营模式，所有座位不对号入座，且车票为电子票，旅客可以随时买票随时出行。运营初期开行37趟动车组列车，其中广州东站往返深圳机场站33趟，新塘南站往返深圳机场站4趟。日常开行33趟，其中广州东站往返深圳机场站29趟，新塘南站往返深圳机场站4趟。从广州市市内交通枢纽广州东站到深圳机场站最快仅需1小时11分钟，从新塘南站到东莞西站最快仅需11分钟，从新塘南站到深圳机场站最快仅需53分钟。2020年6月28日，穗深城际开通支付宝（中国）网络技术有限公司扫码乘车功能。2021年4月10日，随着全国铁路实施新的列车运行图，由中铁二十五局集团有限公司承建的穗深城际铁路全线唯一客货两用综合性车站——石牌站正式开办客运业务。2024年5月28日，深圳地铁发布《深铁城际运营保险(2024—2027年度)项目采购公告》。公告信息显示，穗莞深城际铁路计划于2024年9月1日移交深圳地铁接管并运营。

2024年6月15日零时起，全国铁路将实施新的列车运行图，重新铺画穗深城际线运行图开行C字头动车组列车23对，其中新塘南—深圳机场22对、中堂—深圳机场1对。

2011年，广东省发改委《关于珠江三角洲地区城际轨道交通网规划实施方案调整的函》（粤发改交通函［2011］1484号）中明确，穗莞深城际延长线新塘至广州白云国际机场段提前到2015年实施。2013年8月19日，穗莞深城际线二期(新塘经广州白云国际机场至花都站)项目获得广东省发展和改革委员会正式批复。该线路自新塘南站引出，经增城区经济技术开发区、九龙镇、中新知识城、竹料镇、广州白云机场、平步大道，至终点广州北站，线路全长77.7公里。2014年5月21日开始招标。

2015年7月21日，新白广城际花都区至白云机场北段联调联试工作进入关键阶段。12月26日，穗莞深城轨北延段新塘经广州白云国际机场至广州北工程全线开工，此项目全部位于广州市辖区内，正线全长77.7公里，经过广州市的增城区、黄埔区、白云、花都区4个区。线路起自穗莞深城际新塘站，经增城开发区、镇龙镇、中新知识城、竹料镇，在竹料站与广佛环线接轨，共线引入广州白云国际机场，之后经花山至广州北站，全线新建车站13座，其中高架站8座、地下站5座。11月30日，广州东环城际（花都站至白云机场北站）开通运营，共设4个车站。

2020年5月20日，新白广京雄城际铁路花都站至机场T2站段接触网冷滑试验顺利完成。11月30日，广州东环城际（花都站至白云机场北站）开通运营，全长22.6公里，共设4个车站。

2021年2月2日，广东省交通厅批复新白广城际铁路新塘至机场T2段项目车站站名命名方案。2022年3月25日，新塘至广州白云国际机场北段全线箱梁架设完成，新白广城际项目主体工程基本完工。同年12月29日，新白广城际铁路新塘至机场T2站段全线铺轨完成。截至2023年8月9日，新白广城际主体增城段也已建成。2024年6月，线路完成冷滑试验。

2017年8月29日，广东省发改委对穗莞深城际轨道琶洲支线项目进行了审批公示：总投资72.04亿元，建设期限为2017—2022年。该线从珠三角城际轨道广佛环线琶洲站（不含）引出，经海珠区、黄埔区、番禺区，接入佛莞城际轨道莲花站（不含），线路全长17.6公里，设大学城东站和化龙站等2座车站。琶洲支线通过佛莞城际与穗莞深城际望洪站相接，与穗莞深城际接驳后，可以直通佛山市、东莞市和深圳市三地。

2018年12月26日，琶洲支线正式开工建设。2020年9月10日，琶洲支线盾构机“匠心号”顺利始发。同年10月20日，琶洲支线PZH—2标二工区左线“初心号”盾构机始发。2021年5月18日，琶洲支线PHZ—1标二工区大学城东站主体结构全部完工。

2022年4月6日，琶洲支线贝岗公园明挖隧道～大学城东站区间右线顺利贯通。这是琶洲支线全线首个双线贯通的盾构区间。同年4月27日，琶洲支线大学城东—新造竖井区间右线盾构机顺利完成下穿沥窖水道施工任务。2023年7月6日，琶洲支线全线洞通。同年12月11日，琶洲支线全线无砟轨道工程施工完成。同年12月14日，琶洲支线正式进入铺轨阶段。

2024年1月，琶洲支线全线完成铺轨，实现轨通。截至2024年4月底，琶洲支线项目全线2座车站、3段区间工程（含与佛莞城际共建的引入莲花站、预留南延工程）已全部取得建设工程规划许可证。

穗莞深城际深圳宝安国际机场至前海段工程是穗莞深城际的重要组成，并可进一步向南延伸至皇岗口岸。

2019年8月27日，多方媒体发布新闻，穗莞深城际前海延长线起于深圳机场站，出深圳宝安区国际机场后下穿西湾海域，经碧海高尔夫俱乐部至宝安大道，沿宝安大道地下敷设至前海综合交通枢纽，线路全长15千米，全线地下敷设，设西乡、前海2座车站。同年11月27日，《穗莞深城际轨道深圳机场至前海段工程项目社会稳定风险分析》公布，确定此工程项目全线地下敷设西乡、宝安区、前海3座地下车站的方案。

2020年6月29日，穗莞深城际深圳宝安国际机场至前海段工程项目举行开工仪式。2021年6月8日，穗莞深城际前海——皇岗段可行性研究报告获深圳市发展和改革委员会核准批复同意。2023年8月22日，穗莞深城际机场至前海段工程西乡站至宝安站盾构区间右线“奋进号”盾构机始发。截至2024年5月15日，穗莞深城际前皇段皇岗口岸站框架逆作段首段顶板已完成浇筑。

截至2022年3月6日，穗深城际铁路主线已建客运站有：新塘南站、中堂站、望牛墩站、东莞西站、洪梅站、东莞港站、厚街站、虎门北站、虎门东站、长安西站、长安站、沙井西站、福海西站、深圳机场北站和深圳机场站。

新白广城际，全称新塘经白云机场至广州北站城际铁路，起点为新塘南站，向北经增城区、黄埔区、白云区和花都区区，终点为广州北站，全线设车站13座，全长约78公里。它也是广清城际、莞惠城际、穗莞深城际的连接线，建成后将能串联起佛山、东莞、深圳等城市。

穗莞深城际前皇段线路起于穗深城际前海站（不含），止于皇岗口岸站，正线全长21.158公里，动走线长3.18单线公里。全线地下敷设，设超级总部站、皇岗口岸站2座地下站及中心公园存车场1处，线路设计速度 160km/h 。

琶洲支线连接广佛环线琶洲站与佛莞（莞惠）线莲花站。琶洲支线全长17.6公里，建设工期4年。全线设琶洲站、大学城东站、化龙站、莲花站共四个车站，其中大学城东站与地铁7号线2期、琶洲站与地铁11号线广佛东环相互换乘，实现城际与地铁互通，广州市民跨城出行将更为便捷。

穗深城际铁路莞深主线位于狮子东岸城镇地带，连接广州市、东莞市和深圳市，呈南北走向，为穗深城际铁路市郊段。线路北起广州市增城区新塘镇新塘南站，向北分岔出新白广线和广深铁路联络线，向南上跨广深铁路通道主路段；向南进入东莞市境内，跨过东江下游末端河网，沿狮子洋东岸南行依次经中堂镇镇、望牛墩镇、洪梅镇和沙田镇；折向东进入地下至厚街镇，向南下穿虎门镇；向南至长安镇出地面，然后以高架桥形式至深圳市宝安区境内；向南经沙井街道和福海街道，以地下隧道形式进入深圳宝安国际机场，远期延长至南山区和福田区。

穗深城际铁路新白广线位于广州市东北部县区，为穗深城际铁路北延段。线路从新塘南站引出，向北经过增城开发区、镇龙镇、中新知识城、竹料镇，在竹料站与广佛环线接轨，共线引入广州白云国际机场，经机场T2站、平步大道，至花都站；由北向南依次串联增城区、黄埔区、白云区和花都区，在竹料站与广佛环线城际铁路东环段同时向北接轨并线；接广佛环线城际铁路北环段。

穗莞深城际琶洲支线位于广州市东南部，线路走向为从广佛环线琶洲站引出，向东南方向经广州大学城、化龙镇后，接入佛莞城际莲花站。向东与广惠城际铁路共线下穿狮子洋，至东岸后出隧道接麻涌站；向东至东莞西站月台西侧之前，与广惠城际铁路分离，在东莞西站西南侧以联络线形式向南拐弯接入穗深城际铁路主线。

穗莞深城际南延段由深圳机场站出发，‌途经福田站，‌最终到达皇岗口岸。穗莞深城际机前段起于已开通穗莞深城际深圳机场站，向东南延伸至前海站，全线共设西乡、宝安区、前海3座车站。此线路全长约15.2km，采用地下敷设，未来可在前海站，与深惠城轨、港深西部快线、深珠城际以及2条地铁交会换乘。机前段还将穿越全线唯一一片海域，长约3.1km。穗莞深城际前海至皇岗口岸段起于穗莞深城际前海站(不含)，向东经前海、南山区、福田区止于皇岗口岸站，正线全长21.1公里，动走线长3.2公里(单线)，全线设站2座，超级总部站、皇岗口岸站。全线采用地下敷设，在深圳湾超级总部基地和皇岗口岸地区与城际、地铁等轨道线路形成综合交通枢纽。此段未来可通过穗莞深城际，前海和皇岗口岸可经广深铁路达广州东站，经佛莞城际及琶洲支线达琶洲站，经新白广城际达白云机场、花都站。

穗深城际铁路线路列车采用公交化运营方式，列车专为短途城际铁路设计，并没有设置一等座。穗深城际铁路的列车只售无座票，‌不对号入座，‌每个站只停1—2分钟。线路运行时间根据具体情况来定停点站，最快时间全程只停三个，仅需1小时11分钟，全线站站停，15个车站用时2个小时。

穗深城际铁路每日最多开行37趟动力分散式列车列车。广州东站往返深圳宝安国际机场站33趟；新塘南站往返深圳机场站4趟。日常开行33趟，广州市东站往返深圳机场站29趟；新塘南站往返深圳市机场站4趟。

列车时刻方面，每天深圳机场前往广州东首趟列车为7:45，末班车为20:36，由广州东开往深圳机场的首趟列车为7:16，末班车为20:05。两地开行的列车中，每天的大站快车只有3对，运行时间为71—77分钟，停靠新塘南、东莞西、虎门北、深圳机场等站。除大站快车外，其余基本为“站站停”的城际列车，每个站运行时间约为5分钟，从广州东抵达深圳机场接近2个小时。

2019年12月15日，穗深城际铁路通车首日，开通初期，铁路部门安排37趟动车组往返广州和深圳之间，首日全线发送旅客1.5万人次。

截至2020年1月16日15时，穗深城际运送旅客已突破10万人次。其中春运期间，穗深城际日开行动车组27对，日均发送旅客1.5万人次，高峰时期发送旅客3万人次。

穗深城际铁路采取公交化运营模式，所有座位不对号入座，且车票为电子票，旅客可以随时买票随时出行。

2019年12月15日，穗深城际列车开通运行，站内设有指引牌路牌和自助售票机。启用电子客票，纸质车票方面，车票上仅显示出发站、终点站、车次以及座位等级，并着重加粗“不对号入座”，以提醒乘客。购票方式主要分为线上和线下两种；线上购票通过12306官网或手机“铁路12306”APP；线下购票则是通过车站人工售票窗口或自助售票机，但无论用哪种方式买票，都需要携带本人二代身份证乘车。

穗深城际列车每节车厢内设置了64个座位，配备了洗手间、饮水。在车厢内每个靠通道的座位下方都设置了一个电源插座，每节车厢车头一侧设行李架，供旅客摆放行李，另一侧靠窗设置了六个折叠座位，旅客可坐在上面欣赏沿途风景。

2020年6月28日，穗深城际开通支付宝扫码乘车，乘客无需提前购票，刷支付宝就能直接乘车。经支付宝团队测算，扫码乘车的全过程耗时仅需3秒，比起之前在窗口排队买票、取票，或者网上买票，现场进站核验身份证等流程，可以为每位旅客平均节省时间15分钟以上。

穗深城际采用中车广东省制造的和谐号CRH6型电力动车组A型动力分散式列车，共有8车厢、470多个车位，每趟车最多可以载客1400多人，构造速度200千米/小时，采用广东城际涂装。穗深城际内部宽敞，每节车厢内设置了64个座位，每两个座位都配备了一个充电插口，方便乘客给手机、电脑充电，列车还配备了洗手间和饮水机，满足乘客的基本需求。

穗深城际中堂动车运用所位于穗莞深城际中堂站北面，与中堂站纵列布置并在该站小里程端接轨引入穗莞深正线。中堂动车运用所占地约32万平方米，设检查库线4条、预留2条，存车线8条、预留6条，设临修、不落轮镟、外皮洗刷和牵出线各1条，并配套设置不落轮镟库等动车组检修设施，担负着运行动车组的存车及检修任务，具备CRH6型动车组的一二级修功能，在城际线网中具有突出的功能及作用。

穗深城际铁路搭配CTCS2+ATO列车运行控制系统系统，可通过无线网络进行车地通信，实现列车自动驾驶、自动调整运行时分、自动控制车门屏蔽门开闭等功能。该技术的应用可有效降低司机劳动强度，提高运输效率，减少能耗。

穗莞深城际铁路线沙井西站位于宝安区，站点地处新沙路与松福大道交汇处。2018年5月，由中铁十四局集团有限公司承建的穗莞深城际铁路140米跨钢箱系杆拱桥合龙，标志着穗莞深城际铁路（深圳市段）架梁通道全线贯通。该拱桥是松福路1号特大桥施工难度最大的一段，采用钢箱梁系杆拱结构，跨度140米，高度60米，相当于24层楼房的高度，为全国跨度最大、高度最高的京雄城际铁路钢箱系杆拱桥，也是全线的重难点控制性工程。为此，项目部成立了科技攻关小组，多次邀请专家对施工方案进行评审和优化，创新使用多项新技术、新工艺，克服多项施工难题。

松福路1号特大桥在安装过程中，创新使用“梁上接力”吊装工艺，把构件先吊装到梁上，再从梁体上安装到位，在没有成熟的经验可借鉴的情况下，技术攻关小组反复试验，自行研制了“激光定位装置”并在全国首次成功运用，保证拱桥的安装质量和美观，实现全桥高精度安装，误差控制在2毫米之内。填补了国内城际铁路钢箱梁系杆拱桥高位吊装技术的空白。穗莞深城际铁路采用的CTCS2+ATO列车运行控制系统系统，通过无线网络进行车地通信，实现列车自动驾驶、自动调整运行时分、自动控制车门屏蔽门开闭等功能，也是该条城际铁路的一大创新。

2008年12月21日，穗莞深城际铁路开工，项目放弃东莞市城区，改道沙田镇、洪梅镇等镇引发争议；关于路线方案、站点设置和铺设方式等问题从提出到定型也需经设计单位与地方政府、规划部门不断磋商调整，致使工期延长。在建设初期，东莞路段途经区域人烟稀罕，让当地民众质疑选线能否服务客流。

穗莞深城际铁路的宝安隧道项目，场地原为珠江河口三角洲沉积平原地貌，地面主要建有深圳宝安国际机场，此外北部还分布工业区、住宅区，以及交通道路等建筑设施。场地广泛分布松散人工填土、砂土，流塑淤泥，工程地质条件较差。场地地下水发育，如隧道开挖支护或止水措施不当，极易产生变形、坍塌，以及突水、涌泥等事故，如洞内坍塌范围不停扩大，会往地面发展，使地表土体陷落而形成地面塌陷地质灾害，既造成机场建筑设施损坏，也造成隧道工程建筑及施工机械设备损坏，甚至酿成人员伤亡故，造成重大经济损失及社会影响。

穗深城际铁路途经城镇化率极高的天河区、新塘、虎门镇、长安镇、宝安区等片区，环评要求高，沿途需要拆迁安置大量住宅建筑，全段跨越多条交通线，以地下隧道形式避开商业楼、航空港等特殊建筑设施。

穗莞深城际轨道交通工程宝安隧道，位于珠江三角洲东南部，珠江口东侧，穿越深圳宝安国际机场，建造场地原为珠江河口三角洲沉积平原地貌，北部还分布工业区、住宅区，以及交通道路等建筑设施。场地广泛分布松散人工填土、砂土，流塑淤泥，软—可塑粉质粘土等松软土层，工程地质条件较差。

太平隧道是穗深城际铁路全线技术最复杂、施工难度最高的隧道。隧道全长5.8公里，下穿广深港高速铁路、60米宽东引运河、256省道以及密集的商业区、居民区和大片鱼塘。在施工上需要对隧道进行扩挖施工、隧道基础处理与沉降控制、软弱地层加固处理、高风险段的爆破控制以及民房和高层建筑的变形和开裂控制。

横涌海特大桥是穗深城际铁路东莞市境内跨东江支流大桥，全长1175米，主桥跨径“90米+180米+90米”，为当时中国城际铁路跨度最大的钢管混凝土桥。

穗莞深城际铁路松福路1号特大桥为钢结构拱桥，主跨采用140m钢箱系杆拱桥，拱肋、系梁采用钢箱截面。桥面系由钢结构纵横梁和混凝土桥面板组成，全桥共设15对吊杆，轨面至梁底结构高度为2605mm，较之相同跨径的混凝土系梁、钢管混凝土拱肋的系杆拱桥结构高度低，钢结构在工厂分段制作，现场拼装，大大节约了施工周期。

2020年8月，国家发展改革委公布《关于粤港澳大湾区城际铁路建设规划的批复(发改基础〔2020〕1238号)》，同意在粤港澳大湾区有序实施一批城际铁路项目。规划近期到2025年，大湾区铁路网络运营及在建里程达到4700公里，全面覆盖大湾区中心城市、节点城市和广州市、深圳市等重点都市圈；远期到2035年，大湾区铁路网络运营及在建里程达到5700公里，覆盖100%县级以上城市。其中，穗莞深城际机前段计划2024年建成。与实现广州、东莞市、深圳西部地区与深圳中心城区及沿线重要片区快速通达。

穗莞深城际铁路位于粤港澳大湾区腹地，衔接广州、东莞、深圳三市，是粤港澳大湾区城际铁路网主轴，是加快粤港澳跨境深度合作、实现大湾区深度融合的重要交通基础设施。穗深城际铁路正式开通后，缩短了往返穗、莞、深三地的时间，串联起珠江东岸经济发达城市组团，为构建粤港澳大湾区1小时经济生活圈、打造世界级城市群发挥了重要作用。同时，穗深城际铁路的规划建设对于解决珠三角地区旅客运输能力不足，运输服务质量得不到保障，各种运输方式发展不均衡以及对于促进区域经济和社会发展具有重要意义。