中国科学院南京地质古生物研究所（Nanjing Institute of Geology and Palaeonotology, Chinese Academy of Sciences），成立于1951年，位于南京市北京东路39号，是中国唯一的从事古生物学(古无脊椎动物学与古植物学)和地层学研究的专业机构。 

中国科学院南京地质古生物研究所前身为前中央研究院地质研究所及前中央地质调查所等机构的古生物室(组)。1951年5月7日，中国科学院古生物研究所正式成立，李四光为研究所所长。1971年3月，中国科学院决定将该所更名为中国科学院南京地质古生物研究所。1998年8月，中国科学院南京地质古生物研究所成为中国科学院首批知识创新工程试点单位，并于2011成为首批“创新2020整体择优支持的研究所。

中国科学院南京地质古生物研究所是中国最早获博士学位授予权和最早建立博士后流动站的单位之一。主要学科方向包括：古生物学、地层学、沉积岩石学与古环境和应用古生物学。截至2022年12月，中国科学院南京地质古生物研究所共有在编职工180人，中国科学院院士3人。研究所有6位学者获得国家中华人民共和国国家自然科学基金委员会“杰出青年基金”资助，4位学者获得“优秀青年基金”资助，5位学者入选国家高层次人才计划。

中国科学院南京地质古生物研究所获得的国家级奖励主要包括：“澄江动物群与寒武纪大爆发”（与云南大学、西北大学合作）获得2003年度国家自然科学奖一等奖；“全球二叠系-三叠系界线层型研究”（与中国地质大学合作）、“寒武系和奥陶系全球层型剖面和点位（金钉子）及年代地层划分”和“中国的乐平统和二叠纪末生物大灭绝”分别获得2002年度、2008年度和2010年度国家自然科学奖二等奖。

1913年9月，中国科学院南京地质古生物研究所前身之一，原中央地质调查所在北京成立，丁文江任首任所长。1928年1月，中国科学院南京地质古生物研究所的主要前身，原中央研究院地质研究所在上海成立（1933年迁至南京古生物所现址）。李四光任首任所长，其内部业务机构有基础地质、应用地质和古生物3个组。1950年4月，李四光由英国辗转回国。同年5月7日与周恩来总理在北京会面并接受委托。同年8月24日，政务院第47次会议通过了李四光提出的“一会、两所、一局”的地质机构重组方案。

1951年5月7日，中国科学院古生物研究所正式成立。成立之初暂时由中国地质工作计划指导委员会领导，下设新生代及古脊椎动物组、古无脊椎动物组、古植物组等三个组。李四光为研究所所长，赵金科、卢衍豪为副所长。1952年8月18日，中国科学院决定古生物研究所在北京的古脊椎动物室归中国科学院直接领导。1959年4月1日，中国科学院决定将该所更名为中国科学院地质古生物研究所。1971年3月，中国科学院再次决定将该所更名为中国科学院南京地质古生物研究所。1981年中国科学院南京地质古生物研究所建所三十周年。1982年7月，“大庆油田发现过程中的地球科学工作”项目荣获“国家自然科学奖一等奖”，中国科学院南京地质古生物研究所顾知微等获奖。1998年8月，中国科学院南京地质古生物研究所成为中国科学院首批知识创新工程试点单位，并于2011成为首批“创新2020”整体择优支持的研究所。

2013年，中国科学院南京地质古生物研究所被中国科学技术协会评为“2012年度优秀全国科普教育基地”。 2015年1月9日，由南京古生物所编著的大型科普读物《远古的悸动——生命起源与进化》荣获2014年度“国家科学技术进步奖二等奖”。 2017年，中国科学院南京地质古生物研究所筹建“生物演化与环境卓越创新中心”。2021年11月18日上午，古生物、精时地层及化石能源国际学术研讨会暨南京古生物所建所七十周年纪念活动在南京古生物博物馆报告厅开幕。会议采用了线上线下同步学术研讨的方式进行，会期两天。 2023年12月4日，《当代生物学期刊》（Current Biology）在线发表了由中国科学院南京地质古生物研究所黎巴嫩籍研究员丹尼·阿扎领衔的一项最新研究成果——在距今约1.3亿年前的黎巴嫩琥珀中发现了已知最古老的蚊子化石。这一新发现还证明了在蚊科演化的早期阶段，雄性的蚊子是吸血的，并揭示了昆虫的早期吸血行为比想象的更为复杂。

截至2023年12月6日，中国科学院南京地质古生物研究所共有5个科研部门、1个应用部门、4个支撑部门、5个管理部门、3个学术组织。科研部门包括古生物学与油气地层应用重点实验室、古无脊椎动物学研究室、微体古生物学研究室、古植物学与孢粉学研究室、新生代生物演化与环境研究室；应用部门为地层古生物咨询中心；支撑部门包括科学传播中心、实验技术中心、地层古生物大数据中心、澄江古生物研究站；管理部门包括综合处、科技处、党群工作处、人事教育处、国资行政与财务处；学术组织包括亚洲古生物协会、中国古生物学会、江苏省古生物学会。

古生物学与油气地层应用重点实验室依托单位是中国科学院南京地质古生物研究所，由原“现代古生物学和地层学国家重点实验室”和原“中国科学院资源地层与古地理重点实验室”优化整合，组建而成。原“现代古生物学和地层学国家重点实验室”于2001年由国家科技部批准建设，其前身是1989年中国科学院批准成立的现代古生物学和地层学开放研究实验室。该实验室是中国专门从事古生物学和地层学研究的国家重点实验室，自成立以来已经连续四次被评为国家优秀（A类）重点实验室。原“中国科学院资源地层与古地理重点实验室”，2012年由中国科学院批准成立，是中国国内唯一面向油气等沉积矿产资源勘探开发进行综合地层学、沉积学和古地理学研究的实验室。

地层古生物大数据中心前身是南京古生物所自主知识产权的“地质生物多样性数据库（Geobiodiversity Database，简称GBDB）”。大数据中心在该数据库的基础上，继续收集、整理国内外公开发表（或内部资料）古生物学和地层学领域的资料与数据，并在数据的存储、共享、分析等方面与国内外的组织与机构开展交流与合作。大数据中心也部署并研发相关的数据分析软件，为地球科学领域的基础科学研究、油气矿藏的生产实践以及面向公众的科学传播而服务。

截至2022年12月，中国科学院南京地质古生物研究所共有在编职工180人，中国科学院院士3人。研究所有6位学者获得国家中华人民共和国国家自然科学基金委员会“杰出青年基金”资助，4位学者获得“优秀青年基金”资助，5位学者入选国家高层次人才计划。中国科学院南京地质古生物研究所李四光、斯行健、赵金科、穆恩之、王钰、卢衍豪、李星学、顾知微、盛金章、周志炎、戎嘉余、金玉玕、陈旭和沈树忠等14位科学家先后当选为中国科学院院士。

中国科学院南京地质古生物研究所在国内外科学刊物上发表论文8000余篇、各种科技专著380余册；在古生物分类研究中，建立1500多个新属，12000多个新种。自1956年以来有200余项科研成果获得国家、中国科学院及省部级奖励，其中27项获国家级奖励。中国科学院南京地质古生物研究所在早期生命起源和寒武纪大爆发、重大地史时期生物的辐射、灭绝与复苏、全球界线层型、早期植物的起源与演化等领域获得了一系列国际研究成果。例如，“六亿年前最早的地衣化石（科学，2005）”、“前寒武纪两侧对称动物演化的证据（Science，2006）”以及“6.32亿年前动物休眠卵化石（自然，2007）”等重大发现连续三年被评为“中国基础研究十大新闻”，“阐明二叠-三叠纪之交生物大灭绝及其复苏模式和原因”（与中国地质大学（武汉）共同完成）入选2012年度“中国科学十大进展”。

通过仪器设备更新和环境改造，南京古生物所实验技术中心建设了以X射线断层成像显微镜、LEO1530VP场发射扫描电子显微镜及能谱仪、LSM710激光共聚焦显微镜等组成的高精度微观观测及成像系统平台，以MAT253、DELTA V稳定同位素比质谱仪系统等为代表的有机和无机一水碳酸钠同位素比测定平台，以TSQ Quantum GC气相色谱-质谱议等为代表的地质生物学实验平台，以ICP-MASS质谱仪、ICP-OES光谱仪和激光剥蚀机等为代表的元素地球化学分析平台，以大化石和微体化石预处理实验室等为代表的化石处理平台，以DNA分析与测序系统等为代表的分子古生物学实验平台等，同时在上述平台确立的基础上，整合所内大型仪器设备和相关实验室成立了所级公共技术服务中心，并纳入中国科学院仪器设备管理共享平台所级仪器设备共享管理平台，全面实现仪器设备的信息化管理智能化管理，为国内外提供了一个国际先进的古生物与地层学和前沿科学研究的实验技术支撑平台。

2022年1月17日，中国科学院南京地质古生物研究所在图书馆三楼报告厅召开了2022年科普宣传工作研讨会。南京古生物所相关部门分别介绍了研究所2021年科普宣传工作主要进展和2022年科普宣传工作的想法和规划。南京古生物博物馆自2021年元旦开始向公众免费开放，在做好疫情防控前提下全年接待参观超过19.3万人次；年内主办“第九届全国化石爱好者大会”等十余场大型科普活动，编写出版17部科普图书，13次登上新浪微博热搜总阅读量10亿+；获评包括6项全国性荣誉在内的众多荣誉奖励。2022年，研究所将重点围绕国家重点实验室优化重组、“十四五”规划实施取得成果、博物馆系列主题科普、科研科考探访、自媒体与数据库建设等方面开展科普宣传。

2023年7月3日，中国科学院南京地质古生物研究所在南京古生物博物馆二楼报告厅举行国际合作政策宣讲会。南京古生物所党委书记、副所长杨涛，副所长王军，以及相关职能部门负责人，科研人员、科研助理及部分学生代表等参加此次会议。会议由王军主持。会上，南京古生物所综合处负责人从中国科学院国际合作工作会议精神传达、当前国际合作政策，以及出访行前教育等三方面向与会人员做了详细介绍，并认真回复了在场人员的提问。2023年7月6日，泰国马哈沙拉堪大学校长Prayook Srivilai一行访问中国科学院南京地质古生物研究所，并在行政楼一楼会议室进行双边座谈交流。南京古生物所所长詹仁斌，副所长王军，以及各相关部门负责人等参加座谈会。王军主持座谈。

2023年7月11至13日，第四届国际地层学大会（strati 2023）在法国里尔举行。本次大会是由国际地层委员会（ICS）主办，每四年举办一次的地层学综合会议。会议主题聚焦从前寒武纪到全新世地层学的研究进展。共有来自全球各地的近三百位专家学者参加了此次盛会。中国科学院南京地质古生物研究所研究员沙金庚、研究员朱茂炎和研究员黄冰等一行12人参加了本次会议；朱茂炎为专题16“拉伸纪至成冰纪地层学、古生物学和地球系统演化”的召集人。

2023年8月3至7日，第二届亚洲古生物学大会在日本东京举行，来自亚洲地区及邻区的四百余位专家学者参会。本次会议由亚洲古生物协会主办，东京大学承办；会议主题为“新时代的深时科学（Science in Deep 时间 in a New Epoch）”。中国科学院南京地质古生物研究所所长、亚洲古生物协会第一届理事会主席詹仁斌，所学术委员会主任朱茂炎等一行40余人参加了本次大会，并分别做大会特邀报告、口头报告或墙报交流，部分出访人员还参加了大会组织的野外考察。

上方的三叶虫和下方的树叶表示中国科学院南京地质古生物研究所学科方向为古无脊椎动物和古植物学研究； 中间所名中“中国科学院”五字系首任院长郭沫若手迹，表示要继承中科院的优良传统；背景为地球经纬线，其一寓意中国科学院南京地质古生物研究所以地球为研究对象，其二寓意中国科学院南京地质古生物研究所研究方向是全球性的，其三寓意中国科学院南京地质古生物研究所的科研水平是世界一流的；外圈是中国科学院南京地质古生物研究所英文名称，表示中国科学院南京地质古生物研究所科学家与国际同行开展广泛的学术交流；最下方“1951”表示中国科学院南京地质古生物研究所正式成立的年代。

务实、求真、严谨、创新。

求真求实，争创世界一流。

中国科学院南京地质古生物研究所是国务院学位委员会首批批准的博士、硕士学位授予权单位之一。现设有“古生物学与地层学”“地球生物学”“地质工程”和“ 矿物学、岩石学、矿床学”四个专业二级学科硕士研究生培养点，“古生物学与地层学”、“地球生物学”和“矿物学、岩石学、矿床学”三个博士研究生培养点。现有博士生导师47名，硕士生导师34名。截至2022年10月，中国科学院南京地质古生物研究所共招收和培养了研究生三百余人，其中博士学位研究生百余人、硕士学位研究生两百余人，为中国古生物地层事业培养了一大批高层次的研究人才和跨世纪的学科带头人。中国科学院南京地质古生物研究所是中国博士后管理委员会首批博士后流动站的设站单位。自1988年建站以来，先后有30多位在国内外获得博士学位的优秀研究人员进入博士后流动站工作，截至2022年10月在站11人。

中国科学院南京地质古生物研究所是中国最早获博士学位授予权和最早建立博士后流动站的单位之一。拥有地质学（含古生物学与地层学，地球生物学，矿物学、岩石学、矿床学）一级学科的硕士博士培养点和古生物学与地层学博士后流动站。

主要学科方向包括：古生物学、地层学、沉积岩石学与古环境和应用古生物学。

2023年12月4日，《当代生物学期刊》（Current Biology）在线发表了由中国科学院南京地质古生物研究所黎巴嫩籍研究员丹尼·阿扎领衔的一项最新研究成果——在距今约1.3亿年前的黎巴嫩琥珀中发现了目前已知最古老的蚊子化石。这一新发现还证明了在蚊科演化的早期阶段，雄性的蚊子是吸血的，并揭示了昆虫的早期吸血行为比我们想象的更为复杂。

蚊子是一种吸血昆虫。它们吸食人类或动物的血液，并传播疾病。昆虫的吸血行为被认为是从用来取食植物汁液的刺吸式口器转变而来。例如，吸血跳蚤可能起源于以花蜜为食的昆虫。而吸血行为的演化过程较难开展研究，部分原因在于昆虫化石记录的空白。现今的蚊科具有超过3000种不同类型的蚊子，但人类对它们的起源和早期演化的认知却颇为有限。早白垩世的黎巴嫩琥珀保存了已知最古老的琥珀生物群。丹尼·阿扎经过多年的野外工作，发现了近500处黎巴嫩琥珀产地，采集了近10000枚琥珀。本成果来自于其中2块保存了精美蚊子的琥珀。

该研究利用南京古生物所激光共聚焦显微镜、荧光显微镜等先进科学仪器进行观察，发现这两只雄蚊均保存了特有的刺吸式口器，包括呈尖锐三角形的下颚及延长的具有小齿的构造等。现今雌蚊具有刺吸式口器用于吸血，而雄蚊口器退化则多吸食花露。根据此次发现的雄蚊刺吸式口器，研究推测在1.3亿年前雄蚊也是吸血昆虫。虽然分子生物学证据暗示蚊科起源于更古老的侏罗纪，但过去关于蚊科最早的化石记录来自于距今约1亿年前的白垩纪中期。此次发现的琥珀化石中的两只雄性蚊子距今约1.3亿年，这将蚊子的化石记录提前了近3000万年。该研究由丹尼·阿扎领衔，法国国家自然历史博物馆、美国自然历史博物馆等合作完成。研究工作得到国家自然科学基金的支持。