日本古称倭奴国，故中国古代史籍将这些日本海寇以及后来与之勾结的内陆奸民，通称为倭寇。

自元末至明万历(1573~1620)年间，一部分日本武人、浪人(流亡的穷困武士)、海盗商人和破产农民，不断侵扰中国、朝鲜沿海地区，加之明朝严厉的海禁政策，倭寇前后历时达300年之久。

明朝先后任命王抒、李天宠、张经、周琉等抗倭，但都不成功，又派郑舜功、蒋洲、陈可愿出使日本，希望日本禁倭。之后，浙江省总督胡宗宪诱使倭寇头领汪直投降，王直最后被杀，尽管倭寇仍在福建月港与潮州市活动，但残余被戚继光等人打败，倭寇不得不又转向中国台湾、菲律宾、南洋一带。随着隆庆元年（1567年）解除海禁令，残余的倭寇活动走向结束。

倭是中国、朝鲜对日本的鄙称。中国正史中，《旧唐书》以前都称日本或日本人为“倭”“倭人”或“倭国”，《新唐书》以后则称日本。不过各种野史及民间口头仍称日本为“倭”。在朝鲜王朝王徽元年（1451年）编的《高丽史》中，高宗十年五月有“倭寇金州”一句，“寇”在这里是表示掠夺入侵的动词，“倭寇”并不是一个名词。《高丽史》等史料则记有“倭寇之兴，始于此”，由此倭寇作为术语被确定下来，是在14世纪中叶以后。中国抗日战争时期也称日本侵略者为倭寇。

明朝建立之时（1368)，日本处于南北朝时期（1336-1392)。14世纪初，北条高时沉迷酒色，不理政务，武士常有不满之声。1326年，北条高时隐退，武士们开始叛离北条。1333年武士们发起倒幕运动，攻陷镰仓市，源赖朝就此灭亡。1336年，武士足利尊氏废后醍醐天皇，改立丰仁为光明天皇，定都平安（平安京)，开创足利幕府，是为北朝；而后醍醐天皇逃往吉野（奈良市），是为南梁。洪武三年（1370)，朱元璋派遣莱州府同知赵秩就倭夷问题出使日本。据村井章介研究，“明朝使臣来到了日本的九州岛北部的大宰府（主管南朝外交)，此时南朝政府的最高统治者为已故后醍醐天皇的皇子怀良亲王”明初日本倭夷在明朝沿海时常为寇，引起明廷重视，明朝多次派人与日本政府沟通，未得答复，此次遣臣至南朝怀良亲王处，亦想通过政治外交解决日本倭夷骚扰明朝沿海之事。从南朝怀良亲王来说，他亦想通过与明朝建立外交关系，与北朝抗衡，故于洪武四年（1371)十月“癸巳，日本国王良怀，遣其臣僧祖来进表笺，贡马及方物，并僧九人来朝，又送至明州、台州被掳男女七十余口”。

明初方国珍、张士诚残部威胁着明朝的统治，方、张残部以海岛为根据地，勾引日本人入寇，从辽东至闽，年年劫掠沿海，因此朱元璋在洪武四年（1371)施行了海禁，理由就在于倭寇的活动。明廷将容易被寇掠的沿海居民迁移内地，将丁壮编入军籍，以绝后患”。

朱元璋册封日本南梁怀良亲王为日本国王，北朝的统治者足利义满并未受到朱元璋的承认。足利义满曾于洪武十三年（1380)来贡，由于“无表，但持其征夷将军源义满奉丞相书，书辞又倨”，所以朱元璋“却其贡”。洪武十四年（1381)，“复来贡，帝再却之，命礼官移书责其王，并责其征夷将军，示以欲征之意”，但是足利义满的回书中充满了挑衅，在足利义满的回书中，尚有进攻大明的意思。这次禁令的主要目的，是为了防御可能来袭的日本军”。

两次海禁，福建省人民为了维持自己的生活，不得不犯禁下海，时有勾引外的情况。这就使得朱元璋在洪武二十七年（1394)重申海禁：“缘海之人，往往私下诸番，贸易番货，因诱蛮夷为盗。命礼部严禁绝之”中国作为一个农业国，其自产自足的性质也为统治者施行海禁创造了客观条件。成化年间出生海南岛的大儒邱濬就曾说：“臣惟国家富有万国，故无待于海岛之利也。然中国之物自足，其用固无待于外夷”。可见当时的明朝士人认为，海洋和岛屿的利润和中国的富有比起来不过是蝇头小利，而且中国物产丰富，无需借助外国货物以通有无。而私自下海者，在朱元璋所敕撰的《大明律》“私出外境及违禁下海”条中就有惩处措施：将马、军需段匹出外境货及下海者百，挑担驮之人等，车并官；以十付告。若将人及下海者；因走泄情者，可见明朝对于违反海禁的人采取的惩罚措施是非常严厉的。而朱元璋所规定的海禁，在嘉靖依旧存在，根据当时兵部尚书胡宗宪的幕僚郑若曾所记，“国朝明禁，寸板不许下海，法固严矣”

忽必烈东征日本失败后，日本禁止本国人与中国交通。可是私人经商，依然进行。日本商船往来中国及朝鲜海岸，兼做海盗事业，大肆杀掠。日本南北朝时代(1333—1392年)私商渐盛，等到南梁衰亡，南朝的遗民武士结合那些商人海盗，组成一个强大的力量，向大陆沿海侵扰。他们起先多在朝鲜海岸活动，后来转入中国海面，占据小岛屿居住。

尽管直到近代仍有倭寇的记载，但倭寇活动最活跃的时期，是14-15世纪以及16世纪两个时期。但这两个时期的倭寇并不相同。14-15世纪的倭寇主要在朝鲜半岛活动，多是日本人，也有不少朝鲜贱民参加，其原因既有日朝关系的演变、蒙古兴起、朝鲜内乱，又有日本发生南北朝内乱，北九州市的幕府武士“御家人”和农民的贫困等原因。这一时期倭寇的活动主要是掠夺人口与粮食。16世纪的倭寇活动范围在东南沿海，主要是中国人。

1350年是倭寇历史上具有重要意义的一年。据《高丽史》等书记载，这一年日本人入侵朝鲜多地，此为倭寇之始。以后又有多次倭寇入侵，以抢粮食为目的。11世纪以来日本就与朝鲜有贸易活动，但朝鲜对此进行了严格限制。到13世纪时，高丽在与蒙古的交战中耗尽了力量，国力衰落，贸易中断，导致倭寇活动加剧。蒙古征服朝鲜，元朝建立后，双方联合征服日本。之后，元朝又与高丽发生战争，高丽国陷入疲惫状态。到高丽王朝倒台的1392年，倭寇对朝鲜的骚扰持续了约40年。1352~1374年是倭寇活动大规模化的时期。这时倭寇的特点是：目标在于掠夺粮食等生活必需品，主要掠夺运粮的漕船与储粮的官库；不仅骚扰朝鲜南部沿海，还多次进攻首都开城（开城）附近；倭寇船只从20余艘发展到400余艘，人数达3000人。抗倭将领李成桂之后创立了朝鲜王朝。以后有许多朝鲜贱民与倭寇联合。高丽与李氏朝鲜都曾力图通过外交途径禁止倭寇。倭寇进入朝鲜内地后受打击更多。这时朝鲜对倭寇实行怀柔政策，使之归顺，他们不仅有了土地，还娶妻生子，个别甚至还在朝鲜当官。朝鲜还许可日本人通商，接受日本移民，寻求通商的日本人被称为“使送倭人”，经商的被称为“兴利倭人”。这时倭寇转化为“投化倭人”。余下的海盗停止在朝鲜的掠夺活动，转向中国大陆。

到了明代，朱元璋为应对海盗，充实了沿海防御，同时通过外交使日本臣服，成为朝贡国家。但由于与胡惟庸事件相关的林贤被认为勾结日本人夺明之权，明与日本断交，并实行海禁政策。日本足利义满成为室町幕府将军后，朱棣与足利义满交涉，实现了日本加入以中国为中心的国际秩序和日本禁止倭寇的目的。由于朝鲜、明朝和日本室町幕府采取的政策，倭寇走向没落。永乐十七年（1419年），倭寇入侵辽东望海蜗，几乎被全歼，同时朝鲜军队攻击日本对马岛的应永外寇。之后，朝鲜与对马之间建立了友好关系。此后，明朝、朝鲜和日本之间和平交往，倭寇停止了活动。

浙江宁波的双屿港成为走私贸易的基地。最初是福建人邓獐以此地作为走私基地，吸引各国商人来贸易。之后被徽州歙县的许栋兄弟占据，其同党还有李七、汪直等人。这些走私商人来往日本，与倭寇有所接触。嘉靖二十七年（1548年），由于浙江巡抚朱纨的镇压，双屿港被毁。但由于乡绅以及官员从走私中获利，朱纨因此被削官而自杀，海禁又放松。双屿港被毁后，走私者加强了武装，越来越凶暴。这时走私者的头目是汪直，他在嘉靖二十四年（1545年）来到日本。归国时带了助才门等3个日本人。此后，日本走私贸易者到双屿与中国人、葡萄牙商人贸易，开始了被称为倭寇的一系列活动。双屿被毁灭后，王直到日本称王，设立了根据地，他与从子王汝贤、养子王激成为最大的倭寇首领。他们作为走私贸易的调停者，也为走私商人提供服务与保护。他还与博多区与萨摩的日本人建立了密切的关系。汪直引日本人到舟山群岛进行贸易，对抗其他海盗，勾结中国官员、乡绅、富豪，把沥港变成走私基地。嘉靖三十二年（1553年），俞大猷等扫荡了沥港，汪直等人逃回日本平户港。在王直以沥港为基地时，倭寇活动在中国沿海已极为猖。其中主要还有徐海、陈东和麻叶（麻叶）等。这时的倭寇以王直、徐海为中心，与中国海上商团和当地居民，以及日本人、葡萄牙人合作，从嘉靖三十年持续到嘉靖三十五年。

明朝先后任命王抒、李天宠、张经、周琉等抗倭，但都不成功，倭寇曾在浙江省、安徽省骚扰，并入侵南京市。明朝又派郑舜功、蒋洲、陈可愿出使日本，希望日本禁倭。之后，浙江总督胡宗宪诱使汪直投降，王直被杀。此后，叶宗满、王汝贤、王洪等均告失败。尽管倭寇仍在福建月港与潮州市活动，但残余被戚继光等人打败，倭寇不得不又转向中国台湾、菲律宾、南洋一带。随着隆庆元年（1567年）解除海禁令，残余的倭寇活动走向结束。

倭寇初期主要活动在朝鲜，后主要在中国安徽、江苏省、山东省、南直隶、浙江省、福建省、广东省沿海等地区。在日本列岛、琉球群岛、中国台湾、菲律宾、南洋各地区也留下了深刻的痕迹和罪行。

倭寇烧杀掳劫，江浙一带民众被杀者达数十万人，严重破坏了社会生产力的发展，威胁东南沿海人民生命财产的安全，激起中国朝野上下各阶级、各阶层人民的愤怒反抗。

倭寇之祸不仅是军事侵略，更是政治事件，严重损害了明朝国威，同时倭寇沿途的烧杀劫掠，也给人民造成极大伤害。

80年代以后，倭寇的性质问题成为研究的主题。在较早的1930年代，中原地区史学界因抗战而对倭寇的研究激增。到了战后，中国史学界认为倭寇就是日本侵略者的观点依然是主流。1990年出版的历史大词典中对“倭寇”的定义是“明时骚扰中国沿海一带的日本海盗”。

1980年代以来，学术气息渐趋轻松，史学界重新审视倭寇问题，提出了一些新论。一大批学者从史籍出发，确实认识到前期倭寇与后期倭寇（即中国史书中所称的“嘉靖大倭寇”）不能笼统一概而论。是历史学界对倭寇问题进行更加细致深入研究的成果，具有一定的进步性。林仁川在《明代私人海上贸易商人与“倭寇”》中指出：“倭寇的首领及基本成员大部分是中国人，即海上走私贸易商人，嘉靖时期的御倭战争是一场中国内部海禁与反海禁的斗争。”樊树志在《“倭寇”新论——以“嘉靖大倭寇”为中心》一文中指出：“'倭寇即日本海盗’这种似是而非的表述值得商。嘉靖年间东南沿海所谓倭患的根源，在于明朝严厉的海禁政策与日趋增长的海上贸易之间不可调和的矛盾。被人们称为'倭寇王'的汪直，是徽州海商出身，把他放在当时国际贸易大潮中审视，许多问题便可迎刃而解。”

梁小民在《书山寻宝中》摘录明史记载：倭寇中有不少是中国人，日本人有十分之三，中国人有十分之七。“真倭十之三，从倭者十之七”

《明代倭寇事件性质的探讨》(陈牧野，《江海学刊》1958年7期)、《嘉靖“倭寇”探实》(陈杭生，《江汉学报》1980年3期)认为，嘉靖的“倭寇”是中原地区人，是为了反对明朝的“海禁”政策而拿起武器的，他们的斗争对中国的发展具有进步意义，应该对这个问题给予重新的评价。持此观点的有《明代私人海上贸易商人与“倭寇”》(林仁川，《中国史研究》1980年4期)、《明代嘉隆年间的倭寇海盗与中国资本主义的萌芽》(戴逸煊著，中国社会科学出版社1982年版）等。

持相反意见的有《明代的海禁与倭寇》（陈学文，《中国社会经济史研究》1983年1期）等。《论徽商的抗倭斗争》(王世华，《安徽师大学报》1986年1期）一文从倭寇研究的新视角出发，对徽商通倭的观点进行反驳，认为徽商不但不通倭，而且以出钱、出谋或从戎等方式积极抗倭。

林仁川在《明末清初私人海上贸易》中评：“倭寇”的首领及基本成员大部分是中国人，故明代征倭士兵往往因与“倭寇”是同乡邻里关系而互相勾结,通风报信。

明万历二年进士谢杰在《虔台倭》中评：“倭寇”产生的根本原因，是海禁过严。

2023年6月27日，“中国出版集团有限公司营销周报”微信公众号刊文评：网传新版《新华字典》中将“倭寇”一词删除，据中国出版传媒股份有限公司商报社第一时间调查了解，此报道不实。