南普陀寺（英文：Nanputuo Temple），福建厦门的唐朝佛寺，位于厦门岛南部五老峰下。南普陀寺是全国重点文物保护单位、全国重点寺院，同时也是厦门八大风景区之一。

南普陀寺始建于唐朝末期，初称泗洲院。北宋僧文翠改建称无尽岩。元代至正年被毁，明洪武十八年（1385年）僧觉光重建，改名为普照寺(院)。清爱新觉罗·玄烨二十二年（1684年），靖海候施琅收复台湾后捐资重修寺院，更名为南普陀寺。光绪二十一年（1895年）喜参和尚由鸿山寺移锡住持南普陀寺，募资新修殿宇堂舍。民国初年，南普陀寺建成三殿七堂俱全的禅寺格局，成为近代闽南人最具规模的名刹。民国二十三年（1934年），会泉和尚创办佛教养正院。1962年进行大翻修，大悲殿主体由木质结构改成钢筋水泥。1982年，妙湛和尚主持翻修扩建寺宇，复办闽南佛学院。

南普陀寺占地面积25.8万平方米，建筑面积为21270平方米。南普陀寺坐北朝南，中轴线主建筑为天王殿、大雄宝殿、乐途殿、大悲殿、藏经阁，中轴主殿两侧钟鼓楼、庑廊回护，形成一个整体。此外，东序楼堂建筑主要包括客堂、库房、五观堂(斋堂)等，西序楼堂建筑主要有方丈楼、侍者、西堂、闽南佛学院建筑群等。另外，南普陀寺还有珍贵的文物资料，比如藏经阁有古经集藏、古代诸佛菩萨造像、历史名家书画等历史文物。南普陀寺现任住持为则悟大和尚。

南普陀寺在“文革”时期遭到一定的损害，1979年重新开放，逐渐建设成以寺庙为主体的旅游服务单位。厦门南普陀寺天王殿及大雄宝殿分别于2005年、2007年开始进行大修。南普陀寺于2011年3月22日正式取消门票机制。此外，针对佛教节日、节假日游客香客高峰期，南普陀寺还实施限制人流量等措施。

南普陀寺始建于天宝末期，初称泗洲院。北宋僧文翠改建称无尽岩。宋明洪武十八年（1385年）僧觉光重建，改名为普照寺(院)。清康熙二十二年（1684年），靖海侯施琅收复台湾省后驻镇厦门市，捐资重修寺院，增建大悲阁奉观音菩萨，并与普陀山海岛观音道场相类比，更名为南普陀寺。

关于南普陀寺的名称由来，在民间流传着两种说法，一是重建后的寺庙内主要供奉观世音菩萨，又位于观世音菩萨道场普陀山之南，故称南普陀寺。另外一种说法是根据《大方广佛华严经》里面的记载：“于此南方有山，名普陀洛伽山，彼有菩萨名观世音。”所以命名“南普陀”，慧日和尚是南普陀寺的开山祖师。

南普陀寺始建于唐朝末期，初称泗洲院。相传唐末中原打乱时，黄巢起义挥军南下，泗洲佛化身为身披大袈裟的和尚，坐于大军进军的大道中，面劝黄巢多行善事、勿滥杀无辜。黄巢一时性急挥剑将其斩首，但是首级落地后跃起自合。黄巢大惊，下马谢过，挥军绕路而过。后人为纪念泗洲佛抗暴保民的功德，在路过的岭头、路口以及居住的村庄，都供有石雕泗洲和尚圣像，作为抗暴安民的神灵。王潮兄弟带领大批士族移民入闽，陈、薛两家族跨海首登厦门市(今厦门)拓荒，当时利用山洞修成的“一片瓦”式建筑，这就是南普陀寺的雏形。

五代时期，僧清浩在五老峰山麓依岩结茅修行，称泗洲（岩），是鹭岛（今厦门本岛）有记载的第一座住僧山岩。宋治平年间（1064年—1067年），文翠禅师在五老峰原泗洲（岩）旧址结茅禅修，改称“无尽岩”。

元代至正年被毁，明洪武十八年（1385年）僧觉光重建，改名为普照寺(院)。觉光和尚经过二十多年苦心修行，普照寺由最初的草寮洞穴，建成殿堂院舍、佛像法物齐全的寺庙。明朝洪熙元年（1425年），寺庙的住僧已达八九十人。万历年间（1573年―1620年），寺僧雾云在普照寺上侧建碧云岩（又称石室岩）。明代后期，寺庙田产被豪右兼并，钱粮不足，寺院开始衰败，至崇祯中（1628年—1644年），住持僧了蕴几欲弃寺而去。泉州开元寺诗僧明光来厦驻锡，得诸名士支持，乡绅太常寺卿林宗载将其家族所购寺产田地归还寺院，使得普照寺维持香灯不灭。

清代李率泰攻克厦门市后，普照寺毁于兵火。清康熙二十二年（1683年），靖海侯施琅收复台湾后驻厦门，捐资修复寺院旧观，又增建大悲阁奉观音菩萨，辟为观音菩萨道场，与普陀山海岛观音道场类似，改称为“南普陀寺”。同时，施琅聘请临济宗三十五世传人慧日法师为开山第一代祖师。康熙帝四十七年（1708年）冬，南普陀寺开山祖师慧日禅师圆寂，翌年春，其弟子通意法师于寺后建慧日禅师舍利塔。

乾隆（1736—1795年）南普陀寺住持如渊和尚改太平观为佛教道场，称“太平岩”。又应厦门市士绅之请，于南普陀寺西侧建龙王庙，道光迁至海边，改称龙泉宫。乾隆五十三年（1788年）三月至八月，为记述平定台湾林爽文起事等战功，表彰有功将士，乾隆亲笔书写四篇御文以表嘉奖。台厦兵备道所在地奉旨建亭立碑，名御碑亭。碑高三米五，正面汉字楷书，背面满文，坐落在神赑之上。同时，住持景峰和尚对梵宇殿堂进行全面翻新改建，改大悲殿为八角型亭阁式的大悲阁，采用闽南地区古建筑特艺无架柱结构的斗拱，层层迭架至结顶三重飞脊，称“蜘蛛结网”。道光十一年（1831年）省已法师募资重修南普陀寺殿堂。光绪二十一年（1895年）喜参和尚由鸿山寺移锡住持南普陀寺，募资新修殿宇堂舍。

民国初年，南普陀寺建成三殿七堂俱全的禅寺格局，成为近代闽南最具规模的名刹。1922年，重修寺院，神驮着御碑成了砌墙的石料，分别嵌入东西庑廊当护墙，既实用又得容身之所。民国十四年（1925年），首任方丈会泉和尚在喝云法裔住持转逢的支持协助下，在寺中创办闽南佛学院。1928年，大悲殿因香炉着火殃及被焚毁。1930年，释太虚集资重建大悲殿，仍以木结构为主。民国二十三年（1934年），会泉和尚接受李叔同的倡议创办佛教养正院。从此，南普陀不仅成为迎纳十方高僧大德的丛林禅寺，同时也成为省内外青年学僧向往的参修学苑。

民国二十六年（1937年），抗战爆发，南普陀寺一度被驻军占住。之后，闽南地区佛学院遭日机轰炸，寺中住僧和学院师生纷纷避入内地或出国。次年5月厦门市沦陷后，寺院先后由觉斌、会觉住持，但此时寺院已是僧众稀落，寺宇萧条。抗战胜利后，避居内地或出国的僧众陆续复员归寺。民国三十六年（1947年），众僧推举广心和尚任方丈。次年，南普陀寺为性愿法师六十大寿举办三坛传戒大法会，来自海内外求戒的佛教徒1000多人参加受戒大典。

1949年，厦门市解放，南普陀寺在方丈广心及二埋法师等领导下，恢复丛林禅寺的组织生活，开展正常的宗教活动。1958年，厦门市对佛教寺院进行合并，各寺僧众集居南普陀寺。1962年进行大翻修，大悲殿主体由木质结构改成钢筋水泥，保持木结构斗拱，同时保持斗拱堆叠的藻井装饰。1982年，南普陀寺成立管理委员会，妙湛和尚任管委会主任兼任寺务监院。妙湛和尚升座后，重整禅林法规，主持翻修扩建寺宇，复办闽南佛学院，使千年古刹重放光彩。1985年5月17日，中辍48年之久的闽南地区佛学院，在厦门南普陀寺举行复办开学典礼。1986年，国家重新申报历史文物，新建御碑亭。1988年，妙湛和尚由厦门佛教协会公推为南普陀寺第八任方丈。

20世纪80年代以来，在地方政府和海内外佛教界缁素人士的大力支持下，对寺院主要殿堂及周边环境进行了全面的规划和翻修扩建。1993年，在寺右原般若池侧兴建一座八角琉璃黄瓦的三层大禅堂，增建左右“班首楼”、慈善大楼；寺后山上增建“圆通两周王陵”；新建释太虚舍利塔等。目前，南普陀寺新建、拓建的楼、院、亭、阁，建筑总面积相当原来寺宇的一倍以上。

南普陀寺规模宏大，至2008年底，全寺总占地25.8公顷，建筑总面积21270平方米。寺庙依山而建，格局小巧，多用石材，屋檐为闽南地区风格的弧状飞檐翘角，上有众多剪磁工艺的藻饰，绚丽多彩。沿着中轴线，依次分布着天王殿、大雄宝殿、大悲殿和藏经阁。中轴主殿两侧钟鼓楼、庑廊回护，形成一个整体。东序楼堂建筑主要包括客堂、库房、大寮以及五观堂(斋堂)等。西序楼堂建筑主要有方丈楼、侍者寮、西堂、后堂、闽南佛学院建筑群等。寺前有放生池、“太虚大师纪念塔”，寺后五峰屏立，松竹翠郁，岩壑幽美，号“五老凌霄”，是厦门市大八景之一。

东序楼堂建筑，主要是主管寺院日常事务的执事僧人的办公活动场所，同时也提供住众饮食起居和待往来客僧与宾客的馆舍堂院。南普陀的东序楼堂建筑，在民国十三年(1924)前后，曾进行过全面的重修、翻修、改建、拓建或新建。改建后的东序楼堂建筑主要包括客堂、库房、大寮以及五观堂(斋堂)，退职执僧居住的正命楼，供客僧挂单的云水堂以及僧舍寮房等。此外还新建祖堂(功德堂)、经书流通处、念佛堂等。20世纪80年代以后，该处建筑群又得到较大规模的翻新改建。

西序楼堂建筑主要是丛林住持及诸大德长老住修、弘法、及引导僧众修行的活动场所。该建筑群主要有方丈楼、侍者寮、西堂、后堂、班首等各堂主的寮房，另外，还有闽南佛学院建筑群，接待外来诸山长老的上客堂，供僧人修行的单堂慈善大楼以及功德楼等。20世纪80年代之后，西序楼堂建筑群所有的院舍先后得到全面的翻修和拓建。

南普陀寺的建造遵循唐朝皇家殿堂的规模以及整体布局，历代重修也大多遵循唐代建寺模式，基本格局以主殿为中心，佛殿采用歇山式重檐翘角的皇家宫殿模式。大唐开元年间(713年—741年)，李隆基推崇佛教，颁令特许寺院供佛处所可按皇宫主殿模式构建，并称为“殿”，殿堂院舍可按照皇宫东西两序的布局营建。殿堂之间遵循主次相从，东西有序的统一格局。主殿在中轴线上，以大雄宝殿为中心，分建前殿(天王殿)、中殿、后殿，及诸配殿，诸殿堂前后相应纵立于中轴线上。主殿两侧建有东西庑廊、回廊，使之联成一个整体。庑廊前端各建有钟楼、鼓楼。

南普陀寺殿堂结构模式的主要特点是大屋盖，采用歇山式重檐翘角屋顶，下盖双层重檐四流向、瓦檐，四边各有1道下垂翘角飞脊(重檐合为八道翘角重檐)。屋檐覆黄绿或紫色琉璃瓦当及滴水重檐。殿堂整体规模结构，正面开通五道大门，为五进五开间，周绕回廊。回廊正中支柱雕饰盘龙形柱，称为龙柱。

寺庙依山而建，格局小巧，多用石材，屋檐为闽南地区风格的弧状飞檐翘角，上有众多剪磁工艺的藻饰，绚丽多彩。

南普陀寺中轴线建筑有天王殿、大雄宝殿、大悲殿、藏经阁。东序楼堂建筑主要包括客堂、库房、大寮以及五观堂(斋堂)，退职执僧居住的正命楼，供客僧挂单的云水堂以及僧舍寮房等，还有祖堂(功德堂)、经书流通处、念佛堂等。西序楼堂建筑主要有方丈楼、侍者寮、西堂、后堂、班首等各堂主的寮房，还有闽南佛学院建筑群，接待外来诸山长老的上客堂，供僧人修行的单堂慈善大楼以及功德楼等。

天王殿位于寺院中轴线的最前端。前殿正中供奉着弥勒佛，弥勒佛像后供韦驮菩萨，东西两侧奉四大天王。此殿面阔5间，民国十五年(1926年)时，当时的方丈会泉和尚募化重建，采用歇山式重檐的建造模式，与碑亭互相辉映。天王殿的木构柱梁因遭白蚁蛀食损毁严重，屋面筒瓦变形，伴有渗漏雨水现象。南普陀寺于2006年对该殿按历史原貌进行全面重修和防护加固，重修后的天王殿依旧保持闽南地区风格的建筑模式。

天王殿后是大雄宝殿，是整个寺庙的中心，具有典型闽南佛殿的特点。该殿重建于1921年，是一座两层蹿角式的建筑。大殿正中供奉着三世尊佛高大的塑像，殿后有西方三圣；殿内正中供奉观音菩萨，其余各面为四十八臂观音，造型优美，姿态多样。屋上铺琉璃瓦，殿顶绘有九鲤化龙、麒麟奔走、龙凤呈样等磁画，色彩鲜丽，金碧辉煌。殿内路上有“清影摇风”“楚江秋吟”等山水鸟画，以及“禅河沐浴”“六年苦行”等释迦牟尼诞生及修行的壁画。大殿前后门屏有细木精雕的佛教故事，佛教故事请厦门市知名书画家绘制书写，油漆装金。

大雄宝殿的正后方是大悲殿，是施琅重修寺院时新建的，专门用于供奉观音菩萨，当时殿名为大悲阁。1928年因香炉失火，大悲阁经历4年多的重建，于1933年落成，改名大悲殿。1962年进行大翻建，把木结构的主体改为钢筋水泥，保持斗拱堆叠的藻井装饰。目前的大悲殿，面阔一间，高三层，是八角亭阁式的建筑，顶部有三重飞檐，每层檐顶都有八角形，并且每个角上面都雕有龙尾，中心的藻井由斗拱层层叠加而成。殿内供奉四尊观世音菩萨，安排四方，正中是一尊双臂观世音，端坐在莲花座上。其余三尊为四十八臂观音，手上各雕一只小眼，持多种神器，姿态各一。

最后一座殿阁是藏经阁，藏经阁是中轴线最高的建筑，为歇山重檐式双层楼阁，一层为法堂，有东、西、南、北四个面，四扇门。民国二十四年(1935年)，厦门市著名大善士蒋以德用为母治丧节余的巨资在大悲殿后营建一座两层的楼阁，底层作为讲经法堂，上层作为珍藏法宝、佛像、大藏经等珍贵文物的藏经阁。其中以28尊玉佛最为珍贵，又称玉佛宝殿。楼下为法堂，悬挂着四幅唐朝书法家虞旁的真迹墨宝，是十分珍贵的书法艺术作品。

闽南佛学院太虚图书馆始建于1989年，于2018年12月迁至南普陀寺图书弘法楼三楼，内设妙老纪念馆。太虚图书馆历经30余年的发展，截至2020年底，藏书8万余册。其文献收藏以佛学研究为主，涉及佛教文集、学术丛书、佛教教理、佛教史地、佛教文艺和各宗派重点经论以及律典注解。

厦门南普陀寺上客堂坐落于南普陀寺五老峰下，是寺内专为接待出家僧众，在家居士、佛教信众、有缘人士等的住宿服务宾舍。上客堂的大厅是简约大方与传统文化相结合的新中式风格，天然纹理的大理石搭配温润的实木家居。宾舍内设有50余间客房，古朴的中式风格。推开窗门，满目葱郁，尽览寺景。

南普陀寺藏经阁收藏着一大批珍贵的历史文物，其中有古经集藏、古代诸佛菩萨造像、古代法物、法器及古玩供具，以及历史名家书画。所藏佛经中，有影印的宋代《砂大藏经》、日本的大正新修《大藏经》13520卷、一法师亲书的《佛说阿弥陀经》等。藏经楼里还收藏有元朝时期的七佛佛塔、宋代的古钟、香炉、明代铜铸八首二十四臂观世音、近代木雕“五儿戏弥勒佛”、杨木如意，都有较高的文物和艺术价值。至2008年，寺内存有名人书画38幅，其中有相传是唐朝吴道子所画的飘海观音1轴，极为珍贵，乃民国二十年(1931年)庄文州先生赠与南普陀寺珍藏。

至2008年，寺内供奉各类材质的佛、菩萨、护法等像111尊。其中，玉质雕像25尊、铜塑雕像38尊、瓷质雕像30尊、木质雕像12尊、石质雕像3尊，铝制雕像2尊、石膏雕像1尊。其中，一尊白瓷观音是明代德化瓷雕名家何朝宗所塑，何氏平生仅雕此类观音18尊，现全国仅存3尊，一存北京国家博物馆，一存泉州大开元寺，一存南普陀寺为稀世珍品。

位于寺西侧"普照寺"的洞壁之上。行书横题，无款。字幅高0.115米，宽0.80米。据查证字为明洪武初断臂和尚觉光为表明断臂素志而题。

位于藏经阁西侧。楷书直行大字。右边以隶书题"万历丙午秋"左侧署"男显亲立石"。字幅高3.00米，宽1.50米。《厦门志》载：“池浴云，字仕卿，号龙洲。中左所人。太常浴德弟。年二十一为诸生，筑精舍于五老山中.....崇祯十一年应岁贡，未几病卒，年三十四。乡人为镌'龙洲卧冈'四字于五老山石。""卧冈"是坟墓的别称，可见石刻附近有池浴云之墓。

位于藏经阁西侧，现称"普照寺"那个石洞的洞外石岩上，系明末崇祯年间林宗载的草书题刻"飞泉"两字，右署"享万题"。字幅高0.70米，宽0.72米。《厦门志》载："石室旁巨石，又有草书"飞泉"二字，不署名。虞志似为林太常宗载书也。

乾隆御制平台纪功四碑，碑位于南普陀寺内。共有《御制剿灭台湾逆贼生擒林爽文纪事语》《御制平定台湾告成热河文庙碑文》《御制平定台湾二十功臣像赞序》和《御制福康安奏报生擒庄大田纪事语》等满、汉文字对照的碑记共8座。名碑高3米，宽1.28米，厚0.12米，周边浮雕九龙纹饰，碑额勒刻筹书"御制"2字。碑文皆为乾隆皇帝弘历所撰，碑立于清乾隆五十三年(1788年)。该处列为厦门市文物保护单位。

慧日塔背碑刻："皇清康熙已丑年孟春谷旦同立"。左下款署名："维徒普印、普念、普海、普果，徒孙通能、通途、通晓，曾孙心空、心走、心悟心见、心明，玄孙源溥、源润、源洗。"

每逢佛诞(农历四月初八)、 观音菩萨的三大节日(农历二月十九、六月 十九、九月十九)等重大节日都有几十万人前往朝拜，寺内会举行盛大的佛事活动，众多善男信女手持燃香叩头跪拜，祈求健康与财富。

1998年5月27日至6月4日，南普陀寺启建50年来规模最大的水陆大法会。2005年8月15日，厦门市、金门县佛教界纪念中国人民抗日战争暨第二次世界大战胜利60周年祈祷和平法会在来南普陀寺寺举行。次年10月21日，由金门佛教理事会发起，会同南普陀寺举办的“两岸和平消灾祈福水陆法会”在南普陀寺举行开幕式。

2007年5月1日，南普陀寺举办第一届海峡两岸 “温馨之夜”传灯祈福法会，法会的主题为“祈祷和平，传递和谐”。9月13日，由闽院、香港特别行政区《文汇报》、厦门大学联合举办的“2007中国佛教公众形象主题论坛”在南普陀寺讲堂举行。12月7日（农历十月二十八日），南普陀寺举行妙湛老和尚圆寂12周年祭礼，全体僧众及闽院全体师生怀着虔诚、感恩的心于妙老舍利塔前诵经、祭奠，方丈释则悟大和尚主法。12月15日，南普陀寺与厦门大学管理学院联合举办以禅修和宗教体验为主题的“一日禅活动”，数十名大学生在班主任带领下到南普陀寺禅堂参加禅修活动。

闽南佛学院坐落于鹭岛厦门五老峰下，枕山面海，是近现代著名的佛教院校之一。闽院以南普陀寺为依托，创建于1925年。闽南佛学院在民国二十六年至民国三十四年(1937-1945年)，曾在抗日战争中厦门市沦陷期间被迫停办。1985年5月以来，闽南地区佛学院开始复兴、迅速发展。目前，学院设立办公室、教务处、研究院、国际部、图书馆行政教学机构，从创办至今培养了约4000名僧才。目前，圣辉大和尚担任名誉院长。

1934年，李叔同创办佛教养正院，招收的对象是闽南籍的学僧。佛教养正院是一所以培养佛教主持僧宝为主的院校，与闽南佛学院同附于南普陀寺，院址均设在南普陀寺内，最初是各自独立的两个院校。1985年，养正院归并闽南佛学院。

释会泉，名明性，别号印月，出生于同治十三年（1874年）自署华满，晚年自称莲生道入，福建省同安区人。1924年，南普陀寺的住持转逢和尚，将南普陀原来的子孙制，改为十万丛林的选贤制，并选出会泉法师为十方丛林的住持。会泉法师当选南普陀首任住持后，即计划与兴办僧教育，培育佛门弘法人才，他在转逢法师的支持下，创办了“闽南佛学院”，会泉自任院长。会泉法师的著作，有《大乘起信论科注》《金刚经讲义》《阿弥陀经集讲》《普门品讲义》《佛学常识易知录》等多种。

常惺法师著作颇多，而以《佛学概论)一书最为佛教界所重视。法师俗姓朱，法名寂祥，常惺其字，自署雉水沙门。他是如皋市人，生于光绪二十二年(1896年)，年12岁时，依本境福成寺自诚长老出家，法号常惺。1925年，常惺法师辅助释太虚于厦门南普陀寺创办囤雨佛学院，任教闽院两年。1931年，接任江苏泰县光孝寺住持，创设光孝佛学研究社，招收学僧，研究佛学。在此期间，又兼万寿寺的住持。1933年，常惺法师继太虚大师出任厦门南普陀寺住持，并兼任闽南佛学院院长。

1925年，释太虚与常惺法师于厦门南普陀寺创办囤雨佛学院。五十岁的时候，尝试写过五十以前自传，序云：“文友、学生、信徒要我写自传，早已是多年多人的事了。又因为五十岁起有了日记，联想到把五十以前的，凭记忆追写些出来，亦为消遣闲空日脚的好法子；于是乎我五十以前的自传便从此开始。二八、三、十九，在碧鸡大悲阁”。

妙湛，丹东市人。生前任中国佛教协会咨议委员会副主席，福建省佛教协会会长、名誉会长，厦门市佛教协会会长，闽南佛学院和福建佛学院院长，南普陀寺、涌泉寺、武夷山市永乐禅寺方丈。他在临终之际留下“勿忘世上苦人多”的遗训。1957年妙湛法师住锡厦门南普陀寺，他积极维护佛教的合法权益，维修寺院。

1951年11月23日，圣辉大和尚生于湘潭市，俗名盛清辉。1981年4月，圣辉法师大和尚于安徽九华山祗园寺礼仁德长老披剃出家，法名圣辉，法号慧果。1997年，受中国佛教协会赵朴初会长委派和应南普陀寺两序大众的礼请，荣南普陀寺方丈，同时兼任闽南佛学院和南普陀寺慈善事业基金会会长。2000年1月26日，受南普陀寺两序大众礼请，连任南普陀寺方丈。

则悟大和尚，浙江省人士，现任全国人大代表，中国佛教协会副会长，厦门市佛教协会会长，厦门南普陀寺方丈，闽南佛学院院长，厦门南普陀寺慈善会会长。

1999年4月，荷兰女王贝娅特丽克丝一行来寺参观访问，方丈圣辉法师热情接待。2000年元月，圣辉法师蝉联南普陀寺第十任方丈。是年接待丹麦首相斯穆森、韩国佛教界、厄瓜多尔国民议会、罗马尼亚议长昆图斯及夫人等访问团。

2005年10月29日—11月1日，第三届中韩佛教音乐学术研讨会开幕式在南普陀寺举行，研讨会由中国佛教协会、中央音乐学院“佛教音乐文化研究中心科研处”与韩国国乐学会主办，南普陀寺承办。

2008年1月22日，泰国朱拉隆功大学清迈分校副校长Phramaha Boonchuay一行到闽院女众部紫竹林寺参访。2月17日，泰国朱拉隆功中国佛学院秘书长沙威法师应邀前来参加闽南佛学院开学大典礼，闽院院长圣辉大和尚接待。11月22日，泰国僧王秘书、丹麦泰王寺住持参访闽院，与闽院常务副院长界象法师、副院长法源法师、院长助理兼教务长传明法师、教导长达源法师、办公室副主任悟源法师、副教导长超波法师在教务处进行座谈。

2004年3月6日，斯里兰卡康提阿斯竭利佛学院举行隆重的贝叶经刻经仪式。南普陀寺方丈、闽院院长圣辉法师参加刻经仪式。12月12日，南普陀寺以界象法师为团长、果君法师为副团长、市民宗局副局长蔡永华为顾问的法务团一行60人，前往新加坡参加“水陆法会”。

2006年10月29日，应澳门中华妈祖基金会邀请，由中国佛教协会常务副会长圣辉大和尚为首组织代表团60人应邀参加“祈福祭典妈祖法会”活动，其中南普陀寺以传明法师为团长、德煌法师为副团长等30人组团参加。

2007年9月15日，以传明法师为团长的闽院代表团赴泰国参加为庆祝Mahachula朱拉隆功佛教大学校长达玛库塞迦博士诞辰举行的庆典，并进行两国佛教学院之间的法谊交流。

南普陀寺天王殿外的乾隆御制碑1982年被厦门市政府公布为文物保护单位。南普陀寺于1983年4月9目被列为全国重点文物保护单位。大雄宝殿2005年被列为福建省文物保护单位。在南普陀寺院内以及后山的五老峰前，留下许多历代的摩崖石刻和碑记。1982年，厦门市政府把明代将领陈第、沈有容的题名石刻，列为市级文物保护单位。南普陀寺里还有许多造型不一的僧人塔（僧人墓群），2013年被思明区政府列为未定级不可移动文物。

厦门南普陀寺天王殿及大雄宝殿分别于2005年、2007年开始进行大修。2005年天王殿大修时，木构架仍然使用用福建省生产的杉木王。天王殿只对石柱以上的木构架进行重建。大雄宝殿在2007年的大修改用缅甸产的柚木。柚木质地坐硬细腻，但比重大于杉木，屋架的重量变大，地基还进行加固处理。在大雄宝殿的重建工程中，使用了许多现代材料与工艺，对屋面进行了防水处理。

1979年南普陀寺重新开放，逐渐建设成以寺庙为主体的旅游服务单位， 正常的宗教生活得到保障，佛教节日和佛事活动盛况空前。1981年恢复 了佛教养正院，培养初级僧才。1985年在政府大力支持和关怀下，又恢复了闽南佛学院，培养高级僧才(分预科班、正科班和比丘尼班)。同时恢复了寺中风景文物。

为了让各地游客更好地感受南普陀寺的清净庄严和智慧之光，厦门南普陀寺于2011年3月22日正式取消门票机制。此外，针对佛教节日、节假日游客香客高峰期，南普陀寺还实施限制人流量等措施。南普陀为了更好地服务游客，特意设立了素菜部、照相部、小卖部、工艺部及其他服务设施。

2006年12月27日，南普陀寺周边地区景观控制规划正式出台，周边50米以内将不得建超过18米高的楼房，紧邻建筑限高12米。

靖海侯施琅收复台湾后，在班师回朝的途中，在船上做了一个梦。梦里南海观音菩萨告诉他，他当时经过的海叫东海慧日，如果升起来的太阳叫慧日，就说明是吉利的。施琅到南普陀去拜菩萨，结果出来接待他的和尚的名字就叫慧日。施琅觉得应了观音菩萨的愿，他为还愿，因此重修南普陀。

释太虚《南普陀寺林园记》；虞愚《南普陀寺寺考》；释寄尘《南普陀寺建筑物沿革》；释常惺《闵南佛学院缘起文》；释东初《南普陀游记》；释觉斌《普照寺根源记》；释文渊《南普陀兜率陀院记》；释妙湛《南普陀寺大观》(画册)；释瑞今《南普陀寺与闽南佛学》等。

诗词方面，有宋代滕翔所著《五老山》、清代释性任《题碧泉寺洞壁》、清代黄日纪《钟鼓山》、清代黄莲士《五老凌霄》等。

东山门楹联：喜瞻佛刹连黄舍，饱听天风拍海涛；广厦岛连沧海阔，大心量比五峰高。殿内大悲殿楹联：五老此留形，清净为心皆补恒；普门无定相，慈悲济物即观音。

1924年，住持转逢法师打破师徒相承的旧制度，推行宗教改革。南普陀寺订立了20条规约，实行十方选贤制，规定住持僧由全寺僧人选举产生，三年一换，不得连任两次；重大事务由寺内四寮共议，住持不得独断专行；每任住持僧不得把自己的徒弟安排在寺内任重要执事。

1994年12月，成立南普陀寺慈善基金会，是为中国大陆佛教寺院创办的慈善机构之首。原名"厦门南普陀寺慈善事业基金会"，后更名为"厦门南普陀寺慈善会。1994年，南普陀寺实业社被评为市级先进集体，受到集体的奖励。2003年南普陀寺实业社又被评为国家级先进单位。2007年12月28日，南普陀寺慈善会正兴、果妙两法师赴安徽省太湖县，参加“南普陀寺慈善会援建太湖县朴初小学捐赠仪式”，向该校捐赠10万元。次年2月4日，南普陀寺慈善会向湖南郴州雪灾区捐款10万元。

为了加强档案管理队伍的专业化，2016年南普陀寺选送18名优秀僧众、员工参加了档案管理人员资格证书培训，目前，全寺已有25名持证人员。2016年南普陀寺义工荣获“第三届全国‘119消防先进集体’”和“福建省公安厅第二届热心消防公益事业先进集体”荣誉称号。

2021年4月16日，厦门市红十字会召开第十届九次理事会，厦门南普陀寺慈善会荣获“中国红十字会奉献奖”。

《花开世界起——南普陀宗铄法师佛教音乐集》是以厦门南普陀寺历史文化为背景，创作的传统及现代佛教音乐。2021年南普陀寺正兴法师作词并制作佛曲《千手观音》发行，中国广播艺术团青年歌手刘洺君演唱，中央音乐学院古筝演奏家丁雪儿、中央民族乐团萧演奏家丁晓逵演奏，匈牙利布达佩斯电影交响乐团伴奏，正兴法师亲自担任制作人和音乐总监。

南普陀寺素菜比较出名，其素菜不仅严守素料制作的工艺，还革除素菜仿荤菜而制的传统，以素菜素名而独树一帜。南普陀寺的素菜原料除面筋、粉干、豆制品、蔬菜、香菇、木耳外，还配以闽南特产荔枝、龙眼、芦笋等，味道清新鲜美，色、香、味、形俱佳。一道菜一个雅名，“彩花迎宾”“南海金莲”“香泥藏珍”“五老如意”“白璧青云”等都是代表性菜名。其中历史学家、诗人郭沫若还把一道菜命名为“半月沉红”。2003年10月在第四届中国美食节中，厦门南普陀寺实业社素饼、素菜丝雨 云、南海金莲、鹭鸟明珠等被评为中国名 点、名菜，南普陀寺实业社被评为中国名素宴。