明清战争是万历四十六年（1618年，天命三年），后金(清)进攻抚顺市、清河开始，到康熙元年（1662年，永历十六年）清军俘获朱由榔为止。

战争经过分可为三个阶段。战争前期，开始于万历四十六年（1618年，1618年）至天启六年（1626年，后金天命十一年），是后金在辽东的战略进攻时期。包括抚清之战、萨尔浒之战、辽沈大战，广宁之战、宁远之战。战争中期，开始于天启七年（1627年，后金皇太极元年）至崇祯十六年（1643年，清崇德八年）双方战略对峙阶段。包括宁锦之战、后金入塞之战、大凌河之战、松锦之战。战争后期，开始于清顺治元年（1644年）到康熙元年（1662年）清军对南明政权的总攻阶段。包括山海关之战，清代消灭弘光、鲁王、隆武、绍武、永历政权。至此，明清战争结束。清朝最终统一中原地区，建立最后一个封建王朝。

清朝的建立结束了长期战乱的局面，给生产力的发展提供了一个和平稳定的环境。同时，清朝对边疆地区的治理，加强了中国各民族间的联系。使得边疆地区的政治、经济、文化、宗教方面都有积极意义。

明代是满洲发展的重要时期，它分为三大部：野人女真、建州女真及海西女真。永乐时期，明成祖朱棣在经济发展基础上加强北方兵力，打击蒙古贵族骚扰的同时对黑龙江流域也同时加紧经营，并于永乐七年（1409年）六月设立奴儿干都司，来招抚当地的女真各族。同时对前来献供的女真各部酋长授以指挥使、指挥同知等职，并给其凭证、官印、官服。并凭官印、凭证即可管辖辖区属民和与明贸易。努尔哈赤其祖父觉昌安就担任建州左卫都指挥，经常前往抚顺市与汉民贸易。

正统七年（1442年）明廷分建州左卫，增设建州右卫。从此建州女真设置了建州卫、建州左卫、建州右卫，合称建州三卫。由于蒙古和野人女真的侵扰，建州女真和海西女真不断向南迁徙。建州女真在朱祁镇正统年间稳定在抚顺以东苏子河流域；海西女真在明世宗嘉靖时期分布在开原市东北部地区，并且在迁徙过程中逐渐形成叶赫那拉氏、辉发、哈达、乌拉四部，称为海西四部。

海西蒙古族藏族自治州和后金两部的南迁使得其离明朝更近，获得了汉族的先进生产技术，经济和军事力量都得到了快速发展，这对明朝来说是一种威胁。明廷除了军事力量控制外，同时采用“分而治之、互相牵制、互相削弱”的办法使女真各部落各自牵制，各自为雄。当其中任何一个部落强大后，便采取与军事手段加以牵制平衡。

明廷的这种策略使得没有一个女真部落能强大到统一各部，反而被分割成更多部落。并且各部争权夺利的过程中相互残杀，倚强凌弱使女真人民遭受巨大苦难。随着明朝政治腐败，边防废弛，这种局面也渐渐发生改变。

明世宗时期，世宗朱厚熜迷信方士，追求修道成仙，长生不老使朝政废弛，经济政治都出现了严重的危机。 到万历时期，明神宗朱翊钧做法更甚。政治方面自万历十四年（1586年）之后神宗就深居简出，几十年不上朝，官员出现空缺也不增补。此举严重影响政务处理，使得明朝政治环境更加腐败。

经济方面，一方面是神宗挥霍无度，即位之初主管皇帝伙食的光禄寺有结余银两110多万。万历十五年（1587年）底，就仅剩下四万四千余两。到万历二十九年（1601年），光禄寺为供应皇帝膳食，已经到了向其他部门借款的程度。 除此之外，皇室宫殿、坟墓、大婚、赏赐等都耗费颇多，使得财政更加困难。

另一方面，万历二十年至二十八年（1592年—1600年）间，朱翊钧针对边疆的问题，发动了万历三大征。万历二十年至二十六年间，明延为平定宁夏叛乱，耗费财政二百余万两白银；东征援朝，耗费七百余万两银；平定播州叛乱耗银约二三百万两，接连征战使得明朝耗费大量帑银。 就在明朝政治日趋败坏之时，努尔哈赤在辽东却在悄悄崛起，从此拉开了明清战争的序幕。

万历十一年（1583年），当时明朝政府积极扶持苏克苏浒部图伦城主尼堪外兰，企图以他来控制建州女真各部。尼堪外兰引导明军进攻古勒寨阿台时，努尔哈赤得祖父和父亲被明军误杀。努尔哈赤得知后，责问明朝官员。明廷为安抚努尔哈赤，归还其祖父、父亲遗体，并任命其为建州左卫指挥使。努尔哈赤对明廷做法虽然不满，但又无力抗衡，只能将父祖之死归罪于尼堪外兰。同年五月，努尔哈赤以其父十三副遗甲起兵，开始了对女真各部的统一战争。

万历十一年（1583年）努尔哈赤以祖父十三副遗甲起兵后，先经过三年征战统一了自己所在的苏克苏浒部。万历十四年（1586年），杀死尼堪外兰后威势大振，不少建州部族前来归附。

万历十六年（1588年）努尔哈赤逐渐统一后金各部，势力不断壮大。到万历二十一年（1593年），由于努尔哈赤日益强大使得海西四部深感不安，随即联合蒙古三部和长白山二部，九部之兵三万人共伐建州。努尔哈赤以“乌合之众，其志不一，败其前军，军必反走”方略。斩杀叶赫布斋，俘虏乌拉布占泰，赢得此役大胜。此役后海西四部不敢再主动进攻建州，努尔哈赤采取各个击破的方式先后统一哈达、辉发、乌拉。

八旗制度起源于女真族社会狩猎生产组织。牛录真额原是狩猎时十人的首领。随后演变成官名。在统一女真各部的征战中，努尔哈赤的军事实力日益扩大，于是在牛录组织上有了“旗”（固山）的建制。八旗制度是全民皆兵，兵民一体。既是军事组织，又是行政组织。出则备战，入则务农。八旗最小单位为牛录，设牛录额真一名,下辖300人；五牛录为一甲喇，设甲喇额真一人；五甲喇为一固山（旗），设固山额真一人。最初只分黄、白、红、蓝四色旗帜。万历四十三年（1615年）又增编镶黄、镶白、镶红、镶蓝四旗，共为八旗。努尔哈赤为八旗的最高统帅，亲自统领两黄旗，其他各旗分别有其子孙亲侄担任旗主。八旗对战争所得战利品进行均分，努尔哈赤通过八旗制度将女真各部严密组织起来，从事生产和战争。

万历四十四年（1616年），努尔哈赤称汗，年号天命，国号金（史称后金）。东自东海，西与明边接壤，北自蒙古、嫩江市，南至朝鲜鸭绿江，修筑首都赫图阿拉故城（今新宾满族自治县境内），又称兴京。

明朝对辽东各部的统治实行的是“分而制之”的策略，使各部落各自牵制，人自为雄，而不能使之统一。在建州和海西蒙古族藏族自治州各部之间制造矛盾，支持乌拉侵犯建州，怂叶赫那拉氏与努尔哈赤为敌。同时，努尔哈赤已经征服近邻，海西四部已灭三部，只有叶赫部仰仗明朝势力不肯臣服。努尔哈赤要想在东北地区建立统一的王国，必须先击败明军，才能征服叶赫。

并且明廷还对女真进行经济封锁，万历三十六年（1608年）停止建州朝贡，次年又关闭马市使建州在经济上遭受极大损失。万历四十三年（1615年）明廷又向建州强取世代耕种的柴河等地，并且不许他们收获已种的庄稼。明朝的这些做法使得女真人民愤恨之情由生，努尔哈赤利用女真人民的这种情绪掀起了反明战争。

万历四十六年（1618年，1618年）一月，努尔哈赤对众大臣宣布今年必定征明。同年4月13日，以七大恨祭天，历数明廷对其罪状，率步骑兵二万，分两路征明。一路攻占东州（承德县东南一百余里）、吗哈丹（赫图阿拉城西南二百余里）二堡；努尔哈赤亲率一路军攻打抚顺，抚顺守将李永芳投降。明朝辽东巡抚李维翰急派总兵张承荫率军一万救援，遇后金埋伏，全军覆没。七月，努尔哈赤又从鸦鹘关攻打清河堡，明将邹储贤战死。后金在辽东的节节胜利，使得全辽震惊，也使得明廷震惊。因此，朱翊钧决定打一场胜仗来挽回辽东颓势。

万历四十六年（1618年，天命三年）抚顺战役后，明廷启用李如柏镇守辽东，杨镐为辽东经略，随即征全国大军，征伐后金。万历四十七年（1619年，天命四年）二月，明军集结十万大军在沈阳市集结并誓师，杨镐将兵马分为四路，约定同月二十五日出发，限令明军四路兵马于农历三月初二会攻赫图阿拉故城。同时，杨镐派遣一名后金逃兵带书信给努尔哈赤，声称已集结四十七万大军，并告知发兵日期，企图恐吓努尔哈赤罢兵。

努尔哈赤得知明军进攻消息，决定后金全军出动，每旗7500人左右，八旗作战人数约6万。 西南两路明军出动之时，已被后金侦察兵发现。努尔哈赤探知明军行动后，认为明军南路道险路远，不能即至，宜先败其西路，南路由此前留守的500人进行防御。二月二十五日，努尔哈赤派一万五千名役夫前往界藩修筑城池并派400骑兵保护，以拒西路之军。

万历四十七年（1619年）三月初一，杜松军率兵在萨尔浒谷口。得知后金正在修筑界藩城（铁背山城），便将兵分为两部分，以两万人驻萨尔浒附近，自己率一万人进攻吉林崖（铁背山主峰）。 此时爱新觉罗·代善、爱新觉罗·皇太极带领的两旗援兵已经到了。代善命一千人支援吉林崖，剩下的部队分成两队，一面挡住萨尔浒的明军，一面夹击吉林崖。

随后，努尔哈赤率领六旗兵赶到，决定先解决萨尔浒的明军。此时天色已晚，萨尔浒的明军出兵列阵，后金军进行仰射。因后金军人数比明军多，努尔哈赤随即攻占萨尔浒明军营垒。杜军得知萨尔浒兵败后军心大挫，此时吉林崖上的金兵从上往下攻击杜松军，支援吉林崖的金兵从后夹击，杜松军经不住两面夹击，随即兵败。杜松与王宣、赵梦麟全部战死。明西路军全军覆没。

三月一日夜，马林北路军得知西路军战败，急忙据守尚间崖（距萨尔浒大约三四十里），监军潘宗颜另率一万人前往斐芬山；又有龚念遂(西路军将领，杜松部下，因浑河水深未能渡河)率领万余人在斡珲鄂谟，各距尚间崖数里，互为犄角。

努尔哈赤得知马林已在尚间崖扎营便率军北上，途中与龚念遂军相遇。双方激战后明军大败，龚念遂战死。随后又以骑兵冲击列阵不稳的马林部，明军再败。副将麻岩战死，马林率亲随逃回开原市。努尔哈赤最后进攻斐芬山，后金军下马仰攻，乘胜突入，潘宗颜部大败，全军覆没。叶赫那拉氏的军队约定来给潘宗颜助战，听说马林战败，便逃回去了。至此，北路军战败。三月二日夜，努尔哈赤率军返回赫图阿拉故城休整

努尔哈赤歼灭西北二路明军后，立即回师对付东路刘綎军。努尔哈赤派细作伪装杜松军，拿着杜松令箭告知刘綎杜松已胜，催促其快点进军。刘綎不知西北二路军已败，担心杜松独享军功，自率精锐进入阿布达里冈（距赫图阿拉约五十里）。后金军率先登上此冈居高临下，分两队夹击明军。明军支撑不住随即战败，刘綎与其子力战而死。后金军乘胜攻击刘綎军余部，再次得胜。康应乾仅率百名骑兵逃脱，朝鲜军投降，乔一琦跳崖自杀。至此东路军也败。

杨镐得知西北二路兵马已败时，急命刘綎、李如柏军回师，此时刘綎军已深入300里，命令还没到刘綎就战败了。李如柏接到命令下令回军，后金哨兵二十人发现后，登山鸣锣，佯装大军追击。李如柏军大惊，混乱踩踏，伤亡一千余人。明四路大军仅南路军没有全军覆没。

萨尔浒之战之后，努尔哈赤在万历四十七年（1619年，天命四年）六月攻克开原市，斩杀马林等；同年七月攻克铁岭 明廷感到辽东问题严重，派熊廷弼为辽东经略。当时明军在辽东的军队士气颓丧，人民为避战乱纷纷逃离。熊廷弼于八月到达辽阳市后大整军纪，斩杀逃跑将领，督造器械，在辽十个月采取积极防御的政策使后金不敢贸然进犯。 此时明廷内部党争严重，熊廷弼的做法遭到廷臣攻击，说其胆小畏敌，不敢出战，因此遭到罢免，辽东经略由袁应泰接任。袁应泰上任后一改熊廷弼防守策略，并大量收降蒙古饥民，其中掺杂后金奸细，同时积极组织兵力试图反攻后金。

天启元年（1621年，天命六年）二月，努尔哈赤抓住明廷换帅之际，率领全国兵力攻陷沈阳屏障奉集堡（今沈阳东南）和虎皮驿（今辽宁沈阳市南六十里十里河镇）。三月十二日，后金军兵至沈阳，总兵贺世贤和尤世功在此驻守。贺世贤出城迎战，兵败身死，尤世功前往救援同样战死。袁应泰招降的蒙古人为后金做内应，沈阳城破。

沈阳市攻克后，努尔哈赤又乘胜进军辽阳市。袁应泰得知后，将奉集、威宁的明军撤到辽阳加强防守；同时引太子河区水灌注壕沟，沿壕沟架设火器。三月十九日，努尔哈赤率军到达辽阳城外，袁应泰督明军在城外迎战。双方经过激战，明军败退。次日，明军三万人在城东门列阵拒敌，利用火器防御。后金军掘闸放水，壕沟水逐渐干涸，后金军乘势越过壕沟。明军阵型被打乱，退回城内。后金登城作战，明军举火御敌，双方大战至天亮。三月二十一日，后金加强攻势，明军抵挡不住。经略袁应泰自杀，辽阳市失守。 后金攻克辽阳后，努尔哈赤又乘胜攻下其河东之三河、静远、新安、宽奠等大小七十余城，官民俱削发降。

辽沈相继失陷，使明廷朝野震动，于是又重新起用熊廷弼为辽东经略，同时任命王化贞为辽东巡抚。二人刚一上任就意见不和，熊廷弼坚持此前防守为主的策略，集中兵力于广宁（今辽宁北宁市），在山东登莱建立水师袭扰辽东沿海，经略驻守山海关，指挥全局；而王化贞则一味主张进攻，意图收复辽沈。阉党成员的兵部尚书张鹤鸣与王化贞沆一气，偏袒王化贞。熊廷弼名为经略，实权却在巡抚王化贞手中。王化贞在广宁佣兵十四万，而熊廷弼手中只有五千人。

天启二年（1622年，天命七年）正月二十日，努尔哈赤率领五万后金军直至西平堡。王化贞派总兵刘渠、祁秉忠率军前去救援，并以心腹孙得功率广宁兵为前锋，此时孙得功已蓄意投降后金。二十二日，明军在平阳桥与后金军相遇，双方刚刚接触，孙得功率兵先逃，并大呼兵败，明军不战自溃。孙得功逃回广宁后，扬言后金军已到，城内军民惊慌失措，四处溃逃。王化贞也狼狈出逃，与熊廷弼退守山海关。广宁随即失陷，其周边四十余座城堡不战而降尽为后金所得。

明军在辽东一败再败，广宁之战后熊王二人全部下狱。天启二年（1622年）八月，时任礼部右侍郎孙承宗自请前往辽东督师。孙承宗到达边关后命令制定军制、修筑炮台、训练火器骑兵，并且不断收失地。利用四年的时间前后修复大城九座、堡垒四十五座，练兵十一万，建立十二个车营、五个水营、二个火营、八个前锋后劲营，造军事器具等装备设施合计数百万，拓地四百里，开屯五千顷，岁入十五万。孙承宗在关期间清（后金）未敢侵犯。同时，明廷意式到火炮的威力，熹宗派人前往澳门聘请炮师购买到22门英制红夷大炮，其中的11门火炮被运送到山海关区和宁远。

天启五年（1625年）九月，因孙承宗不愿与阉党魏忠贤交好，魏宗贤便怀疑孙承宗拥兵数万想清君侧，命其党羽上疏攻击孙承宗。随后孙承宗遭到罢免，明廷派遣高第为辽东经略。高第上任后，认为关外一定守不住便命令军队全部撤出锦州市等地，并将锦州等地军民尽数撤离，丢弃米粟十余万。袁崇焕不认可高第的做法，只得独守孤城宁远县。努尔哈赤得知明廷更换辽东经略，率大军六万征明。

此时，宁远守军只有一万多人，袁崇焕得知清（后金）军来攻，采用坚壁清野的策略并将守城器械运至城内，在四面城墙上架设西洋大炮。同时抓捕城内奸细，清空街道行人，并向山海关区发檄文，如有将士逃至全部斩首，将城内人心安定。

天启六年（1626年，后金天命十一年）正月二十三日，后金军到达宁远，次日，努尔哈赤命士兵进行攻城。 袁崇焕利用火炮进行防御，炮弹打中的地方可出现数里的大坑。 经过两日的激战，清军（后金）损失惨重。由于伤亡过多，努尔哈赤无奈退兵。二十六日，努尔哈赤得知明军粮草在宁远南十六里的觉华岛(菊花岛，今辽宁省兴城东南10余千米一岛屿)，遂命蒙古八旗前去攻打。岛上明军全军覆没，船只粮草被焚毁。二十九日，率大军返回沈阳市。 宁远之战是明朝自抚清之战后第一次重创后金进攻，双方由此进入战略对峙阶段。

宁远之战后努尔哈赤愤恨而回，同年八月便因病去世。皇太极继承大汗之位。 此时的后金（清）处在蒙古、朝鲜、大明三面包围之下。皇太极为了解决对明作战的后顾之忧出征朝鲜，明军守将袁崇焕为了修筑宁锦防线，双方进行了短暂的议和。 天启七年（1627年，后金天聪元年）五月，后金已与朝鲜签订盟约没有了后顾之忧，皇太极得知袁崇焕在关外修筑防线，于是以袁崇焕私自筑城，没有和谈诚意为由，亲率五万大军发动了宁锦之战。

天启七年（1627年，后金天聪元年）五月十一日，皇太极率兵直至锦州市，将其包围。 锦州守将赵率教率领三万明军用大炮进行防御，后金伤亡惨重，随后后撤五里扎营等待沈阳市援兵。 随后数日，皇太极先是引诱赵率教出城野战，后又以书信招降，赵率教死守城池坚决不出。此时，皇太极获得袁崇焕送往锦州的书信一封，得知明军援军和锦州军备等情况。随即改变目标，转而选择进攻宁远。

在之前战役中袁崇焕清楚的认识到明军不善于野战，只有凭借城池坚固，并运用火炮才能与后金抗衡。所以此次后金（清）进攻依然以坚壁清野为主，伺机出战为辅的方针五月二十八日黎明，皇太极率领后金军到达宁远城北岗。 袁崇焕率领城内将士登墙防守，明军挖掘战壕，架设大炮进行攻击。此时满桂与祖大寿率兵皆在城外，皇太极面城列阵，但明军靠近城墙太近在大炮射程之内，后金不敢上前进攻。 皇太极假装后撤想引诱明军出战，明军皆按兵不动。皇太极因其父努尔哈赤就未能攻破此城，心怀怨气，想强行进攻，众贝勒力劝无果，皇太极亲率后金兵强攻。 后金军顶着明军的火器攻城，伤亡数千，尸横满地。明将满桂、祖大寿等也率领步骑冲杀上来，双方战斗更为激烈，明军兵士同样损失惨重，满桂也身中数箭。城上袁崇焕指挥红夷大炮轰击后金，后金多位将领皆受重伤。 皇太极亲自督战，到傍晚因伤亡太大，于是撤军至双树铺（今辽宁兴城市双树乡）驻营。二十九日，皇太极害怕处在宁远县、锦州市之间腹背受敌，遂放弃攻打宁远率军北上。

六月初三，皇太极命八旗整理攻城器具，于次日早晨再次攻打锦州。守将赵率教用火炮和各种火器射击，迫使后金兵无法接近城墙。皇太极临阵督战，发动多次强攻，皆为明军火炮击退，战斗一直进行到傍晚，后金兵伤亡惨重，加上天气炎热，士气低落。皇太极随即下令停止进攻，决定撤军。

六月初五，后金撤退，在途中拆毁大、小凌河二城。至此，宁锦之战以后金死伤甚多，皇太极无功而返结束。明朝称此役为“宁锦大捷”。

宁锦之战后，皇太极吸取宁远、宁锦之败的教训，不再正面强攻宁、锦，而是绕过宁锦防线，从蒙古入关，攻击明朝防守薄弱的城池。崇祯二年（1629年，天聪三年）十月，皇太极亲率十万大军避开宁锦防线，绕道蒙古。由于明朝重兵皆在宁、锦一带，山海关以西边防废弛，后金一路直抵遵化。山海关总兵赵率教率军救援战死于遵化城。后金一路势如破竹直至京师。

此时袁崇焕尚在关外，急忙率兵前去救援。因一路急行军，人困马乏，袁崇焕请求进城休息，崇祯帝不同意；后又请求在城外驻扎，也没得到批准。都城突然遭到兵祸，都说是袁崇焕纵敌拥兵。与袁崇焕不和的朝中大臣也诬陷袁崇焕之前与皇太极议和是叛国。并且此前袁崇焕私斩毛文龙让崇祯帝心里已经有所猜疑，这时皇太极使用“反间计”使崇祯帝坚信袁崇焕已经反叛投敌。十二月一日召见袁崇焕时，将其逮捕入狱。袁崇焕被捕后，崇祯帝以大同总兵满桂统帅入援军队，并催促出战。但最终寡不敌众，战死于安定门。

后金在关内大肆劫掠，但因宁锦防线的存在后金害怕后路被截断，所以不敢在关内久留并且也不能长久控制关内城池。 同年年底，皇太极率军返回，沿途占领遵化市、永平、滦州市、迁安市四城，派部分军队驻守，其余部队返回沈阳市。次年八月，袁崇焕以“擅自议和，私斩大帅”二罪被下令处死。

崇祯四年（1631年，后金天聪五年）七月，皇太极探知明军在兴筑大凌城，害怕大凌城再次成为宁远、锦州一样的城池，随即出兵十万，并征调蒙古军一同进攻大凌河城。

八月初，后金军与蒙古军在辽河会师。皇太极鉴于宁远、宁锦战败的教训改变以往战术，采用围点打援的方式，分兵两万占据锦州市与大凌河之间，来阻挡锦州增援部队。 自己则亲率大军前往大凌城，命佟养性率领的火炮营在锦州大路扎营，并围绕大凌城建造隔离墙并挖掘三道壕沟，使大凌城完全与外界隔绝。 后金军突然到来明军并无防备， 此时大凌城中有总兵祖大寿及副将八员，马步军各七千人，夫役商人约一万余人。祖大寿所部虽然都是精锐部队并且配有火炮，但城中缺少粮食。并且大凌城修建时间较短，齿墙仅修完一半。

从八月初到九月中旬，大凌河城中明军先后进行四次突围均被击退，但清（后金）军同时损失不小。 皇太极见一时无法直接攻下大凌河城随即命人用红衣大炮攻击大凌城周围墩台，招降两处，毁坏两处。后金毁坏大凌城周围墩台使大凌城失去策应能力。 同时在八月期间，明军三次共派出一万五千人军队前往大凌城救援，双方互有损伤，但明军援军都未能前往大凌城。此时城中粮食仅有一百余石，城内将士以马鞍为柴，煮马肉为食。

九月二十七日，皇太极率兵两万人与明太仆寺卿监军道张春、总兵吴襄、宋伟等率领的四万余援军在长山口（锦州府城东南，距城十五里）大战。 皇太极利用骑兵的机动优势，率领两翼骑兵冲入明军，击溃明军阵型。 随后，皇太极又命后金炮兵攻击明营，并派精兵埋伏在明军退路。总兵吴襄、宋伟等畏战怕死，率先逃走。明军溃败。 此后明军再无援军可派。

到十月初，大凌城内已经没有可以再果腹的东西了，城中军士饥饿至极，甚至以人肉为食。此时祖大寿虽然仍不愿投降，但在内无粮草，外无援军，又无法突围的情况下也开始动摇。十月二十八日，祖大寿命人杀死不愿投降的副将何可纲，率领城内其他将领三十八人投降后金。 祖大寿投降后，向皇太极谏言愿做内应夺取锦州，皇太极随后同意，放祖大寿及其随从几人去往锦州，但祖大寿进入锦州后并没按约定行事。十一月九日，皇太极下令摧毁大凌河城，班师回朝。至此大凌河战役以后金大获全胜而归。

崇祯九年（1636年，天聪十年）四月初五，皇太极在满、蒙、汉众大臣的劝进下率领文武百官等在盛京举行典礼，共上尊号。四月十一日，皇太极正式即皇帝位，改元崇德，国号大清。

崇祯九年（1636年，崇德元年）五月，皇太极即位皇帝的庆典刚结束，便派武英郡王爱新觉罗·阿济格和多罗饶余贝勒阿巴泰率兵十万再次入犯明边。此次清军犯边仍然是进行军事骚扰和掠夺财物、人口。六月二十七日，清军从独石口（今河北赤城县北）分三路进入明边，大掠赤城、云州乡等地，并攻下距离北京仅九十里的昌平区。此次入边，清军在京师周围攻城掠地，共克城十二座，掠夺人畜近十八万。明兵部尚书张凤翼、宣大总督梁廷栋只是跟在清军后面尾随，不敢进攻。九月初一，清军从建昌路冷口关出边，满载而归。

崇祯十一年（1638年，崇德三年）九月，皇太极命和硕睿亲王爱新觉罗·多尔衮、贝勒岳托两路人马分别从墙子岭和青山关入关。清军一路进犯明朝腹地，明廷内部却战和不一。兵部尚书杨嗣昌和太监高起力主议和；宣大总督卢象昇极力主战。崇祯帝先主和后主战。但卢象昇处处受杨嗣昌牵制，手中只有两万兵马，经过几次战斗损耗和其他方面抽调，最后仅剩疲卒五千人。十二月十一日，卢象昇在无援无粮无饷的情况下在蒿水桥（今河北巨鹿县南贾庄附近）与清军相遇，大战两日，卢象昇身中四箭三刀身亡，明军全军覆没。高起得知卢象昇战死后，不战而逃。清军便乘势深入河北省南部，攻陷多城。杨嗣昌派兵移师德州防守，但此法使得济南市空虚。清军绕过德州，奔袭济南。次年正月，济南市被攻占，清军顺势转战山东省其他州县，直至兖州区。到三月从青山口出塞，返回辽东。此次清军在关内半年之久，席卷京、河北省、山东省，攻克七十余城。

皇太极从以往清军几次入关的经验教训中认识到，要想夺取中原，必须先夺山海关区，要想夺取山海关，必须先夺锦州市。崇祯十二年(1639，崇德四年)二月，皇太极亲率大军进攻松山无果，便于次年派兵前往离锦州九十里处的义州城(今义县)筑城屯田将锦州包围。 并且不断收割锦州周围庄稼及清除锦州周围墩台，不断孤立锦州。

与此同时，明廷派遣三边总督洪承畴为辽总督，主管辽东军务。 洪承畴到达辽东后，从各营抽调士兵进行训练。并利用清军包围锦州不严的间隙不断向锦州输送粮食。到崇祯十三年（1640年，清崇德五年）九月，运送到锦州市的粮食可足支到明年三月，松山粮食也足支到明年二月。 同年年底，皇太极发现清军围城不严的情况，于次年三月派遣四万余骑兵加强对锦州的围困，同时策反锦州城内的蒙古兵，并成功夺取锦州外城。锦州守将祖大寿向明廷求援，崇祯帝得知锦州告急后，命洪承畴支援锦州。 洪承畴随即征调兵马十三万人驻守宁远，认为应“且战且守，步步为营”并没有贸然救援锦州， 而明廷以援军众多，劳师糜饷要求洪承畴速战速决。

崇祯十四年（1641年，清崇德六年）七月二十六日，洪承畴无奈出兵，两天后率领明军到达乳峰山（距锦州市城南约六里）。此时清军驻扎在乳峰山东西两面阻止明援军进入锦州 到八月初，双方几次激战，清军难以招架，并且被锦州明军和乳峰山援军夹在中间无奈被迫向后退六十里，分守关隘，上疏请援。

八月十四日，皇太极接到爱新觉罗·多尔衮求援，亲率十八余万大军星夜兼程赶往前线。 八月十九日，洪承畴将十三万兵马布置在乳峰山和松山城之间，粮草则屯集在杏山与松山之间的笔架山（今辽宁凌海市南），随军仅带几天口粮。 皇太极发现明军前队集结甚众，后队则相对较弱。随即将部队放置在松山与杏山之间，横在大路中间切断松山与杏山的联系，截断明军粮道，切断明军退路。 又派精兵埋伏于杏山、连山、塔山及沿海各条主要道路。将松山和洪承畴军严密包围，使锦州、松山、宁远三座城池孤立，无法配合作战。

八月二十日黎明，明军率先发起进攻失败，退至塔山。清军击退明军的同时还劫取了明军在笔架山的粮草，并且挖壕沟断绝松山到杏山的道路。洪承畴将兵力收缩至松山城下，做突围准备。 次日，皇太极加紧对松山围困。明军粮食不足，而松山存粮不够大军分食。 当天夜里，洪承畴留下三分之一的兵马驻守松山，其余人马合力突围。但明军军心涣散，多位总兵未按计划行事率先逃跑，致使明军大乱，自相踩踏，丢盔弃甲。皇太极已命诸将扼守松山至宁远、塔山、杏山的道路。明军看到逃往至宁远的陆路已经被清军截断，于是奔向海口。但适逢涨潮，大部分明军都被淹死，逃脱的仅有二百余人。总兵曹变蛟与总兵王廷臣得知各路已被清军截断，随即返回松山与洪承畴和辽东巡抚邱民仰继续坚守松山。

八月二十二日到二十九日这段时间里，松山上的明军再无力出兵作战，被围困在松山的明军也仅剩不到一万余人。皇太极命人清除松山周围四座墩台，加紧对松山包围。并在各路设伏，继续清剿溃逃的明军。十天时间里，清军共斩杀明军五万三千七百余人，获得骆驼、马匹七千五百余匹，甲胄九千三百余副。明军被淹死者也数以万计。

崇祯十四年（1641年，清崇德六年）九月开始，洪承畴等人继续在此坚守，并向明廷求援。但此时明廷已派不出援兵了，崇祯只能命令其死守。洪承畴多次进行突围也都相继失败。 到年底，松山粮食已经严重不足，从先前的每天二碗米到现在只能每天一碗。粮食吃光后又以战马充饥，甚至人吃人的境地。

崇祯十五年（1642年，清崇德七年）二月，松山城副将夏成德派向清军投降，约做内应。二月十八日夜，清军按照约定从城南面进入城内，生擒洪承畴、曹变蛟、邱民仰等。曹变蛟、邱民仰等不愿降清，与一百多名各级将领和三千多名士兵被杀。 夏成德及所部一千二百四十多人降清，清军缴获甲胄军械一万五千多件，各种火器三千二百七十多件。洪承畴等被押送沈阳市，随后降清。

松山陷落后，锦州市军心瓦解。此时锦州已经被围一年多，城内早已粮尽，又得知松山陷落。同年三月，在内无粮草，外无援兵的情况下，祖大寿打开城门率领七千余官兵向清军投降。 到四月，清军相继攻陷塔山、杏山。至此历时三年的松锦之战结束，此战后明军关外仅剩宁远县一座孤城。

松山之败后，洪承畴请求明廷救援。但此时的明朝深陷农民起义军困扰，人力物力严重不足，明朝无力两线作战。崇祯帝权衡利弊后，认为起义军是心腹之患，所以集中力量镇压起义军，对清进行议和。 此次议和是崇祯帝秘密进行的，朝中大臣只有少数几人知道。但派去议和的官员不慎将此事泄露，崇祯帝为保全自己将议和归罪他人，明清议和也以失败告终。

崇祯十五年（1642年，清崇德七年）十一月，皇太极再次派兵侵入明朝内地，明廷虽然在边境布置了大量防备但士气低落，无济于事。清军在关内半年，纵横山东省、直隶、河南省，克三府十八州，掠夺金银、人口、牲畜及其他财物无数。至崇祯十六年（1643年，崇德八年）五月才陆续出关。

崇祯十七年（1644年，顺治元年），在起义军的攻势下明朝的统治已经岌岌可危。三月初，崇祯帝下令辽东总兵吴三桂放弃山海关区外土地，入京勤王。吴三桂接到命令后三月十六日才到达山海关，而仅仅三天后，李自成就攻破北京。崇祯也在三月十九日自缢而死，明朝的北京中央政权覆灭。

明朝的北京中央政权覆灭后，吴三桂先是接受了李自成招降。后得知爱妾被李自成部将掠去，随即掉头向东，并击败李自成派来的守将。李自成得知吴三桂变卦的消息，决定亲大军前往。吴三桂随即向清军求援，爱新觉罗·多尔衮得知后答应吴三桂的要求，并向山海关开进。 四月二十一日，李自成率兵到达山海关区，与吴军大战。清军也于当日夜到达山海关，次日将李自成击退至永平。四月二十六日，李自成率军退回北京。清军一路穷追不舍，五月初二到达北京，此时李自成的起义军已经撤回陕西省。多尔衮遂即上疏顺治帝建议迁都北京的，为统一全国做下一步准备。

清顺治元年（1644年），北京城被起义军攻占，崇祯自缢的消息传到南京后，南京文武大臣永立朱翊钧之孙弘光帝朱由为帝。同年五月十五日，朱由崧在南京即皇帝位，年号弘光。此时的全国形势是满清、起义军、南明三方势力。清军占据北京后将起义军视为主要目标，对弘光政权采取诱降政策。因弘光政权怀恨起义军推翻明朝北京政权，随即提出“联清灭顺”的方针，并派大臣前往北京与清议和。

弘光政权的条件是山海关以外归清，并每年给岁币十万。但此时清代意图统一全国，根本无意和谈。顺治二年（1645年）正月，清和硕豫亲王多铎在陕西省击败李自成后，向南进军进攻弘光政权。此时的弘光政权内部又发生矛盾，清军如入无人之境，四月十七日，到达扬州市城郊。四月二十五日，清军攻破扬州。此时的弘光帝还沉浸在醉生梦死之中。五月初清军渡江后，弘光帝就和近侍千余骑率先逃命。五月十五日多铎率军进入南京，在南京的文武大臣皆出城迎降。不久弘光帝也被清军俘获，五月二十四日被带回南京，次年五月被清廷杀死。弘光政权就此灭亡。

顺治二年（1645年）闰六月二十七日，朱元璋九世孙唐王朱聿键在批文官武将的支持下，在福建省称帝，年号隆武。除直接下辖福建省之外，两广、江西省、云贵、四川等地的原明朝官员及江南等地抗清首领都承认其政权领导。

朱聿键在南明诸帝中是一个比较有抱负和眼光的皇帝。其以抗击清代为主，并且提出消除万历以来的党争问题；同时整顿吏治，严惩贪污；朱聿键自身也比较洁身自好，并且喜欢读书。但其作为依然有限，其实权大部分掌握在郑芝龙和其弟郑鸿逵手中。郑芝龙只是顾忌自身利益，对朱聿键抗清兴明并不认可。

朱聿键为摆脱郑氏控制，于顺治二年（1645年）七月派兵出征。因兵力不足，粮饷缺乏在同年十二月兵败。同年年底，朱聿键率军亲征。次年六月，清军进入浙东地区之后，郑芝龙接受清廷王爵之位招降将闽浙交界军队撤走，致使入闽门户打开。八月底，朱聿键被清军俘虏，福建省被清军占据。

与隆武政权同时，顺治二年（1645年）闰六月，由于清代强行令汉人剃发，使得浙东抗清武装纷纷出现。朱元璋十世孙鲁王朱以海于闰六月二十一日起兵并称监国，随后受到浙东抗清武装的拥戴，并在绍兴市指挥浙东抗清。鲁王政权当时控制区域仅限于浙东，浙西地区则是在满清控制之下，中间仅有钱塘江之隔。其政权虽然在浙东地区一度占据优势，但地域狭小无法支撑其过多军队；并且军成分杂乱无法统一管理；鲁王本人也贪图享乐，并且因自身地位与同时期的隆武政权交恶，为防止隆武政权进攻还分兵防御，所以其政权十分脆弱。顺治三年(1646年)，清军抽调兵力进攻浙东。六月初一突破钱塘江防线，进入绍兴。鲁王出逃，流亡海上。其政权所属抗清武装也就此瓦解或被清军消灭。

顺治三年(1646年)八月，隆武政权覆灭后，朱聿键之弟于十一月初一在广州市称监国，初五日即位称帝，改元绍武。而同月十八日，朱翊钧之孙桂王朱由榔经拥戴在肇庆市也即帝位，改元永历，两个政权水火不容。同年十二月十五日，清军趁其相互攻伐之时，率兵进入广州市，绍武帝出逃被俘，其政权仅仅存在四十多天就灭亡了。

永历政权是南明存在时间最长的一个，其政权据有两广、湖广、云南省、贵州省、四川省、江西省等地，其主要地盘在广西壮族自治区。清军攻下广州后于次年正月二十六日攻取肇庆，二十九日攻取梧州市。永历帝一路逃命，四月中旬逃至湖广武冈。

在湖南省地区，坚决抗清的是原明朝官员何腾蛟、堵胤锡等人，他们统帅的是原明朝军队，但军队多被军阀控制，内部矛盾严重。何腾蛟等人接受永历政权领导后并没能带来丝毫帮助，反而使清军加强这一地区的兵力。顺治四年（1647年，永历元年）三月，平南大将军孔有德等人率领的清军由岳州进兵长沙市，明督师何腾蛟、恢抚章旷与总兵王进才等闻风而逃，浏阳市总兵董英以城投降。由于战局不利，驻守在武冈市的守将刘承胤于八月降清，永历帝仓皇出逃至桂林市。九月，清军占领永州市。至此，永历政权丧失对湖南省的控制 。

清军占领长沙等地后，于顺治四年（1647年，永历元年）十一月全力进攻全州县，全州位于广西壮族自治区东北角是湖南进入广西的要道。由于湖南被清军占领多地抗清武装相继转移至桂林，使得此地抗清力量大增，全力阻击清军进攻。清军在此战中失败，统帅耿仲明耿仲明仅只身逃走。但全州之役后，原明朝官将与抗清的农民起义军不和致使抗清力量分裂，其中部分将领向清军投降，致使清军占领进入广西的门户重地。顺治五年（1648年，永历二年），由于桂林市形势危急，永历帝迁往南宁市。

顺治五年（1648年，永历二年）正月到三月，帮助清廷攻取江西省和广东省的降清将领皆因清廷所受官职不满相继反清，并接受永历政权领导，此举使得永历政权的辖区大大扩展，永历帝也迁往肇庆市。由于清军分兵江西作战，给永历政权创造条件在广西壮族自治区至湖南省发动全面反攻。同年之内，相继攻克靖州苗族侗族自治县、湘潭市、永州市（今湖南祁阳市以南、东安县以东湘江及其支流潇水流域）等地。到十一月，清代在湖南主要据点仅剩长沙市一城。 但由于内部再次争权夺利，内部矛盾日益加重，使得抗清力量再次削弱。

顺治六年（1649年，永历三年）正月，南昌市被清兵攻破，何腾蛟在湘潭被俘，湖南境内的明军纷纷败退。同年八月，清军派二万人攻广西，一万人进攻广东省。顺治七年（1650年，永历四年）正月，清军已经打通广东门户南雄市，永历帝再次出逃梧州市（今广西梧州市）。同年十一月，清军基本控制广东；进攻广西壮族自治区的清军也占领桂林市。次年二月，梧州被清军占领。随后清军一路推进，永历帝一路逃窜。到顺治九年（1652年，永历六年）二月，逃至大西军控制的贵州安隆所（后改名安龙府）。

大西军是领导张献忠牺牲后，其部下平东将军孙可望、安西将军李定国、抚南将军刘文秀、定北将军艾能奇率领余部撤入川南。随后不断出兵攻占，到顺治六年（1649年，永历五年）底，其辖区包括云贵高原两省及四川省南部和北部地区。虽然在张献忠牺牲后，其主要领导人也由反明转向扶明，但更多是考虑自身权势地位。大西军内部孙可望和李定国二人不和，永历政权迁至大西军辖区后也没能改善，并且不满孙可望的逼迫行为，积极拉拢李定国，反对孙可望，此举正好给了清廷可乘之机。

顺治九年（1652年，永历六年）二月，清廷派孔有德向贵州省进军，孙可望派出两路大军。一路由刘文秀率兵六万取宜宾市、重庆市；一路由李定国率步骑八万，出湖南省、广西壮族自治区。刘文秀前期进攻顺利，但在十一月保宁一战中骄傲麻痹，差点全军覆没，随即退回贵州。李定国军在四月攻克黎平县，五月连下四城，六月又全歼全州县清军，孔有德得知后亲自前往桂林市坐镇。七月初，因清军兵力不及，孔有德城破自杀。随后，李定国挥师北上，出兵七个月，收复二州十六郡。

桂林之役后，清廷派和硕敬瑾亲王尼堪统兵征湖南、贵州省。顺治九年（1652年，永历六年）十一月十九日到达湘潭市；二十二日进至距离衡州府(今衡阳市)三十余里处。李定国派出部将领兵一千八百名佯抵一阵，随即后撤。尼堪骄心自用，以为明军不堪一击，星夜兼追击，不料进入了李定国在衡州所设埋伏圈，尼堪战死。清军主帅虽然战死，但因孙可望对李定国的猜忌，使其破坏李定国用兵计划，致使李定国未能完胜清军，退至宝庆。随后，与清军作战中几经辗转退至南宁市

顺治十二年（1655年，永历九年），李定国退守南宁后所率仅有六千人，孙可望乘机派兵进攻。李定国率军星夜兼程，偷袭孙可望所派军队并收降其众。并于次年正月二十二日前往安龙县，将永历帝留在自己营中，迁至云南。永历帝入滇后封李定国为晋王；刘文秀为蜀王。并派人去招孙可望入滇，孙可望对此事极为恼怒，但因家眷在滇，未敢轻动。

顺治十四年（1657年，永历十一年）五月，李定国让永历帝出面将孙可望家属送往贵州省，以此缓和矛盾。但前去护送的人因对永历帝给自己的职位不满，到孙可望身边挑拨离间。同年八月，孙可望率十万兵向云南省进攻。此时李定国兵马不足三万，但孙可望的做法不被部下所容，临阵倒戈者多，最后兵败逃走，随行仅剩二十余人。十月逃至贵阳时，孙军留守贵阳的将领冯双礼知其兵败已经易帜李定国，孙可望在走投无路之下向清五省经略洪承畴投降。

早在孔有德和尼堪相继殒命之后，清廷就派洪承畴经略湖广、广东省、广西壮族自治区、云南、贵州省五省。孙可望降清后，清廷于顺治十四年（1657年，永历十一年）十二月，命洪承畴和宁南靖寇大将军罗托、平息大将军吴三桂、征南将军赵布泰分三路大军进攻贵州，到顺治十五年（1658年，永历十二年），清军已经占领贵州大部分目标。

同年九月，宁远靖寇大将军多尼带领的增援大军由湖南省进入贵州。十月初五日，清军在平越州(今福泉县)东南的杨老堡召开会议，决定分兵三路大举进攻黔西市、云南省。除了留下罗托和洪承畴带领部分军队暂住贵阳，镇守新定地方并料理粮饷外，爱新觉罗·多尼出中路经关岭铁索桥至云南省城；吴三桂自遵义市经七星关区入滇；赵布泰自贵州省、广西壮族自治区边境出安隆所黄草坝入滇。十一月十四日，针对云南的进攻就此开始

明廷方面，李定国虽然率领主要将领出兵抵抗，但此时清军大兵聚集已经不是其对手。李定国连吃败仗后撤，十二月十三日撤到云南省城。得知前线失利，永历于十五日开始出逃，顺治帝十六年（1659年，永历十三年）正月到达永昌。同年正月初三，吴三桂部进入云南省城。闰正月初二，清军向永昌进发，十五日时在大理玉龙关击败守将白文选。永历帝得知后再次出逃，三日后到达腾越街道。李定国亲自率军磨盘山（潞江以西二十里）设伏待敌，但叛徒告密致使兵败。永历帝逃至腾越后继续向西，二月初一逃至缅甸境内。吴三桂在追击一段路程后，于闰正月二十四日攻取腾越，三十日班师返回。

顺治十六年（1659年，永历十三年），清军占领缅甸后并没有继续消灭永历政权，但奉命镇守云南的吴三桂急于立功，上疏请战。次年，清廷批准后派派舒穆禄·爱星阿为定西市将军，率领禁军会合吴三桂南征。随后，吴三桂传檄缅甸，要求其交出永历帝。

此前永历帝入缅时，缅甸王不同意其部队入缅，但其部队纷纷前来。当时清方要求其交出永历帝时，缅甸王考虑留有永历帝可用其退明军，为便于控制还不许永历帝与其部来往。缅甸此种态度，引起永历帝部下不满。李定国和白文选都因此入缅作战过。此次接到吴三桂檄文，缅甸王答应只要击败李定国就将永历帝献出。

顺治十八年（1661年，永历十五年）九月，吴三桂与舒穆禄·爱星阿等督兵攻大理白族自治州，出腾越，道南甸、陇川县至猛卯。分兵两万取姚关、镇康县、孟定。十二月，吴三桂率军到达晚坡（距缅甸都城六十里），缅甸王将永历帝及其母亲、其子送至吴三桂军中，白文选以数千人向清军投降，清兵随即班师。

康熙帝元年（1662年，永历十六年）三月，永历帝到达云南省城，次月被吴三桂杀死。至此，永历政权灭亡。同年五月，李定国患病。得知永历帝被害后，病情加重，随后病死。其子李嗣兴在无所依靠下降清。

清兵入关及建立清代，结束了长期战乱的局面，实现了统一。在康、雍、乾时代，平定了“三蕃之乱”(1681年)，迫使台湾郑克填降清(1683年)，三次击败噶尔丹(1690一1697年)，统一漠北，进军西藏，最后平定新疆叛乱(1795)，加强了中国各民族间的联系。 中国今日疆域虽然是元代基本奠定下来的，但清朝之前的王朝对边疆地区基本统而不治。清朝对边疆地区从政治、经济、文化、宗教方面都有积极意义。

清朝的统一也给生产力发展提供了一个平稳安定的环境。清代统治者也不断调整政策，提高各民族生产积极性，在农业、手工业、商业贸易中都比前代有了更大发展。并且随着商品经济的发展，资本主义萌芽也在慢慢发展起来。

此次战争中，明清双方多次发生大规模炮击对射的情况，给火炮发展带来重要影响，并因此引起战术改变。明朝方面，利用大炮城坚在宁远、宁锦之战中阻挡了后金（清）进攻。随后，皇太极认识到了火炮的重要性，一改八旗以往靠骑兵快速突入的战术，但凡出兵必带火炮，并成立专门的炮兵部队。

在军事思想上，也出现了在作战指导思想上突出发挥火器杀敌作用与各兵种协同战术以及如何制造火器、建筑统台工事的军事著作。孙承宗等著《 车营扣答合编 》、茅元仪著《 武备志》孙元化著《西法神机》、张泰、孙学诗著《西洋火攻图》、汤若望著《火攻要》以及徐光启，李之藻等人的文著。这批著作在军事思想上都突破了古代兵器时代战略战术范畴，成为热兵器时代技战原则与军事艺术的先导。

清兵入关后，当时的清朝统治者采用剃发、圈地及掠人为奴等一系列措施，加深了汉族人民的灾难。同时，明清战乱严重破坏了生产力，使明中叶后出现的资本主义萌芽遭到严重挫折。

赵德贵在《论明清战争之研究》中对明清战争评价分为三个阶段：①第一阶段是1618年，努尔哈赤征明开始到萨尔浒之战胜利。1618年之前，明廷对女真实行的政策严重破坏了女真人民的社会生产力，努尔哈赤起兵是反抗明廷压迫的正义之战。②第二阶段是1619年进攻开原、铁岭市到1644年入关之前。此阶段，每次战争都是清（后金）主动发起，并大肆劫掠人口财物，非正义战争暴露无遗。③第三阶段是1644年清军入山海关区至1662年永历政权灭亡。在这一时期，清廷统治者进行圈地等活动为满洲确定特权；逼迫汉族剃发对汉族人民进行压迫；攻城略地的同时大肆屠杀。这些行为都是残暴的非正义行为。

郑天挺在《清史》中评：①明清战乱，给社会生产力带来严重破坏，从而使明中叶后出现的资本主义萌芽遭到严重挫折。②清兵入关后，当时的清代统治者采用剃发、圈地及掠人为奴等一系列措施，加深了汉族人民的灾难。③明清战乱严重破坏了生产力，使明中叶后出现的资本主义萌芽遭到严重挫折。④清朝对边疆地区从政治、经济、文化、宗教方面都有积极意义。